### R code from vignette source 'reb.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: reb.Rnw:55-57 ################################################### library(reb) library(idiogram) ################################################### ### code chunk number 2: reb.Rnw:83-88 ################################################### data(mcr.eset) data(idiogramExample) ref.ix <- grep("MNC",colnames(mcr.eset@exprs)) mcr.sum <- summarizeByRegion(mcr.eset@exprs,vai.chr,ref=ref.ix) ################################################### ### code chunk number 3: reb.Rnw:102-104 ################################################### complex.ix <-grep("MCR",colnames(mcr.eset@exprs)) regmap(mcr.sum[,complex.ix],col=.rwb,scale=c(-3,3)) ################################################### ### code chunk number 4: reb.Rnw:118-119 ################################################### mcr.cset <- smoothByRegion(mcr.eset@exprs,vai.chr,ref=ref.ix) ################################################### ### code chunk number 5: reb.Rnw:128-135 ################################################### data <- mcr.cset[,complex.ix] data[abs(data) < 1.96] <- NA op <- par(no.readonly=TRUE) layout(rbind(c(1,2),c(3,4))) for(i in c("2","5","11","6")) idiogram(data,vai.chr,method="i",col=.rwb,dlim=c(-4,4),chr=i) par(op) ################################################### ### code chunk number 6: reb.Rnw:142-144 ################################################### idiogram(mcr.cset[,complex.ix],vai.chr, method="m",chr=5,dlim=c(-5,5),type="l",lty=1)