### R code from vignette source 'pcot2.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: pcot2.Rnw:46-50 ################################################### library(pcot2) library(multtest) library(hu6800.db) set.seed(1234567) ################################################### ### code chunk number 2: pcot2.Rnw:63-66 ################################################### data(golub) rownames(golub) <- golub.gnames[,3] colnames(golub) <- golub.cl ################################################### ### code chunk number 3: pcot2.Rnw:72-73 ################################################### golub.cl ################################################### ### code chunk number 4: pcot2.Rnw:90-94 ################################################### KEGG.list <- as.list(hu6800PATH) imat <- getImat(golub, KEGG.list, ms=10) colnames(imat) <- paste("KEGG", colnames(imat), sep="") dim(imat) ################################################### ### code chunk number 5: pcot2.Rnw:102-103 ################################################### results <- pcot2(golub, golub.cl, imat, iter=10) ################################################### ### code chunk number 6: pcot2.Rnw:117-119 ################################################### results$res.sig results$res.all ################################################### ### code chunk number 7: pcot2.Rnw:174-186 ################################################### sel <- c("04620","04120") pvalue <- c(0.001, 0.72) library(KEGG.db) pname <- unlist(mget(sel, env=KEGGPATHID2NAME)) main <- paste("KEGG", sel, ": ", pname, ": ", "P=", pvalue, sep="") for(i in 1:length(sel)){ fname <- paste("corplot2-KEGG",sel[i] , ".jpg", sep="") jpeg(fname, width=1600, height=1200, quality=100) selgene <- rownames(imat)[imat[,match(paste("KEGG",sel,sep="")[i],colnames(imat))]==1] corplot2(golub, selgene, golub.cl, main=main[i]) dev.off() } ################################################### ### code chunk number 8: pcot2.Rnw:233-245 ################################################### pathlist <- as.list(hu6800PATH) pathlist <- pathlist[match(rownames(golub), names(pathlist))] ids <- unlist(mget(names(pathlist), env=hu6800SYMBOL)) #### transform data matrix only #### newdata <- aveProbe(x=golub, ids=ids)$newx #### transform both data and imat #### output <- aveProbe(x=golub, imat=imat, ids=ids) newdata <- output$newx newimat <- output$newimat newimat <- newimat[,apply(newimat, 2, sum)>=10] dim(newdata) dim(newimat)