### R code from vignette source 'JodaVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(joda) data(damage) ################################################### ### code chunk number 3: JodaVignette.Rnw:63-65 ################################################### head(data.healthy) head(data.damage) ################################################### ### code chunk number 4: JodaVignette.Rnw:73-75 ################################################### print(model.healthy) print(model.damage) ################################################### ### code chunk number 5: JodaVignette.Rnw:83-86 ################################################### str(beliefs.healthy) str(beliefs.damage) head(beliefs.healthy[["p53"]]) ################################################### ### code chunk number 6: JodaVignette.Rnw:111-112 ################################################### probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=TRUE, plot.it=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: fig-healthyM ################################################### probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=FALSE, plot.it=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: JodaVignette.Rnw:135-136 ################################################### probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=TRUE, plot.it=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: fig-damageM ################################################### probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=FALSE, plot.it=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: JodaVignette.Rnw:165-169 ################################################### regulation.healthy= regulation.scores(probs.healthy, model.healthy, TRUE) head(regulation.healthy) regulation.damage= regulation.scores(probs.damage, model.damage, TRUE) head(regulation.damage) ################################################### ### code chunk number 11: JodaVignette.Rnw:177-179 ################################################### deregulation= deregulation.scores(reg.scores1=regulation.healthy, reg.scores2=regulation.damage, TRUE) head(deregulation) ################################################### ### code chunk number 12: JodaVignette.Rnw:186-187 ################################################### head(rownames(deregulation)[order(deregulation[,"p53"])])