### R code from vignette source 'flowMeans.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: stage0 ################################################### library(flowMeans) ################################################### ### code chunk number 2: stage1 ################################################### data(x) res <- flowMeans(x, varNames=c("FL1.H", "FL2.H", "FL3.H", "FL4.H"), MaxN=10) ################################################### ### code chunk number 3: stage2 ################################################### plot(x[,c(3,4)], col=res@Labels[[1]], pch=20); ################################################### ### code chunk number 4: stage3 ################################################### plot(res@Mins, xlab='Iteration', ylab='Distance') ################################################### ### code chunk number 5: stage4 ################################################### plot(res@Mins, xlab=' ', ylab=' ', xlim=c(1, res@MaxN), ylim=c(0, max(res@Mins))) ft<-changepointDetection(res@Mins) abline(ft$l1) abline(ft$l2); par(new=TRUE) plot(ft$MinIndex+1, res@Mins[ft$MinIndex+1], col='red', xlab='Iteration', ylab='Distance', xlim=c(1, res@MaxN), ylim=c(0, max(res@Mins)), pch=19); ################################################### ### code chunk number 6: stage5 ################################################### plot(x, res, c("FL1.H", "FL2.H")) ################################################### ### code chunk number 7: stage6 ################################################### plot(x, res, c("FL1.H", "FL2.H","FL3.H", "FL4.H"),pch='.')