### R code from vignette source 'RMassBankXCMS.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: RMassBankXCMS.Rnw:24-26 ################################################### options(width=74) #library(xtable) ################################################### ### code chunk number 2: RMassBankXCMS.Rnw:67-69 ################################################### library(RMassBank) library(RMassBankData) ################################################### ### code chunk number 3: RMassBankXCMS.Rnw:82-97 ################################################### RmbDefaultSettings() rmbo <- getOption("RMassBank") rmbo$spectraList <- list( list(mode="CID", ces="10eV", ce="10eV", res=12000), list(mode="CID", ces="20eV", ce="20eV", res=12000) ) rmbo$multiplicityFilter <- 1 rmbo$annotations$instrument <- "Bruker micrOTOFq" rmbo$annotations$instrument_type <- "LC-ESI-QTOF" rmbo$recalibrator$MS1 <- "recalibrate.identity" rmbo$recalibrator$MS2 <- "recalibrate.identity" options("RMassBank" = rmbo) ################################################### ### code chunk number 4: RMassBankXCMS.Rnw:104-105 ################################################### msmsList <- newMsmsWorkspace() ################################################### ### code chunk number 5: RMassBankXCMS.Rnw:111-114 ################################################### msmsList@files <- list.files(system.file("spectra.Glucolesquerellin", package = "RMassBankData"), "Glucolesquerellin.*mzData", full.names=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: RMassBankXCMS.Rnw:126-127 ################################################### loadList(system.file("list/PlantDataset.csv",package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 7: RMassBankXCMS.Rnw:145-149 ################################################### Args <- list(method="centWave", peakwidth=c(5,12), prefilter=c(0,0), ppm=25, snthr=2) ################################################### ### code chunk number 8: RMassBankXCMS.Rnw:154-155 ################################################### par(mfcol=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 9: RMassBankXCMS.Rnw:159-163 ################################################### msmsList <- msmsRead(msmsList, files= msmsList@files, readMethod = "xcms", mode = "mH", Args = Args, plots = TRUE) msmsList <- msmsWorkflow(msmsList, steps=2:8, mode="mH", readMethod="xcms") ################################################### ### code chunk number 10: RMassBankXCMS.Rnw:173-179 ################################################### mb <- newMbWorkspace(msmsList) mb <- resetInfolists(mb) mb <- loadInfolist(mb,system.file("infolists/PlantDataset.csv", package = "RMassBankData")) ## Step mb <- mbWorkflow(mb, steps=1:8) ################################################### ### code chunk number 11: RMassBankXCMS.Rnw:192-198 ################################################### msmsPeaklist <- newMsmsWorkspace() msmsPeaklist@files <- list.files(system.file("spectra.Glucolesquerellin", package = "RMassBankData"), "Glucolesquerellin.*csv", full.names=TRUE) msmsPeaklist <- msmsWorkflow(msmsPeaklist, steps=1:8, mode="mH", readMethod="peaklist") ################################################### ### code chunk number 12: RMassBankXCMS.Rnw:205-206 ################################################### sessionInfo()