### R code from vignette source 'RCASPAR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width = 40) ################################################### ### code chunk number 2: RCASPAR.Rnw:30-31 ################################################### library(RCASPAR) ################################################### ### code chunk number 3: pltprior ################################################### pltprior(q=1, s=1) ################################################### ### code chunk number 4: pltgamma ################################################### pltgamma(a=1.558,b=0.179) ################################################### ### code chunk number 5: STpredictor_BLH ################################################### data(Bergamaschi) data(survData) result <- STpredictor_BLH(geDataS=Bergamaschi[1:27, 1:2], survDataS=survData[1:27, 9:10], geDataT=Bergamaschi[28:82, 1:2], survDataT=survData[28:82, 9:10], q = 1, s = 1, a = 1.558, b = 0.179, cut.off=15, groups = 3, method = "CG", noprior = 1, extras = list(reltol=1)) ################################################### ### code chunk number 6: kmplt_svrl ################################################### kmplt_svrl(long=result$long_survivors, short=result$short_survivors,title="KM plot of long and short survivors") ################################################### ### code chunk number 7: survivAURC ################################################### survivAURC(Stime=result$predicted_STs$True_STs,status=result$predicted_STs$censored, marker=result$predicted_STs$Predicted_STs, time.max=20) ################################################### ### code chunk number 8: logrank ################################################### logrnk(dataL=result$long_survivors, dataS=result$short_survivors)