### R code from vignette source 'POST.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: Load POST package and data ################################################### library(POST) data(sampExprSet) data(sampGeneSet) ################################################### ### code chunk number 3: POST logistic regression ################################################### test<-POSTglm(exprSet=sampExprSet, geneSet=sampGeneSet, lamda=0.95, seed=13, nboots=100, model='Group ~ ', family=binomial(link = "logit")) ################################################### ### code chunk number 4: Gene Level Result ################################################### test ################################################### ### code chunk number 5: POST Cox proportional hazard regression ################################################### test2<-POSTcoxph(exprSet=sampExprSet, geneSet=sampGeneSet, lamda=0.95, nboots=100, model="Surv(time, censor) ~ ", seed=13) ################################################### ### code chunk number 6: Gene set result ################################################### test2