### R code from vignette source 'PING.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Loading-PING ################################################### library(PING) ################################################### ### code chunk number 2: Reading-the-data ################################################### path<- system.file("extdata",package="PING") #Read the experiment : dataIP<-read.table(file.path(path,"GSM351492_R4_chr1.bed"),header=TRUE) dataIP<-as(dataIP,"GRanges") ################################################### ### code chunk number 3: Genome-segmentation ################################################### seg<-segmentPING(dataIP, minReads=NULL, maxLregion=1200,minLregion=80, jitter=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: Cluster-initialization ################################################### library(parallel) ################################################### ### code chunk number 5: PING-analysis ################################################### ping<-PING(seg, nCores=2) ################################################### ### code chunk number 6: Post-process-PING-result ################################################### PS=postPING(ping, seg) ################################################### ### code chunk number 7: makeRangedDataOutput ################################################### rdBed<-makeRangedDataOutput(ping, type="bed") rdFix<-makeRangedDataOutput(PS, type="fixed") ################################################### ### code chunk number 8: export-to-file (eval = FALSE) ################################################### ## library(rtracklayer) ## export(rdBed, file="ping.bed") ## export(rdFix, file="postPING.bed") ################################################### ### code chunk number 9: plotSummary ################################################### plotSummary(PS, ping, dataIP, "chr1", "gen", from=149000, to=153000) ################################################### ### code chunk number 10: custom-plot ################################################### library(Gviz) cTrack<-CoverageTrack(ping, dataIP, "chr1", "gen") rTrack<-RawReadsTrack(ping, dataIP, "chr1", "gen", name="Reads") nTrack<-NucleosomeTrack(PS, "chr1", "gen", scoreThreshold=0.1, name="NEW") ################################################### ### code chunk number 11: Gviz-tracks ################################################### gTrack<-GenomeAxisTrack(add53=TRUE, add35=TRUE) aTrack<-AnnotationTrack(start=149500, end=151000, showFeatureId=TRUE, id="random annotation", col.title="orange", chr="chr1", gen="gen", name="custom") plotTracks(trackList=c(gTrack, cTrack, aTrack, rTrack, nTrack), main="Custom plot", from=149000, to=153000 )