### R code from vignette source 'Oscope_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Oscope_vignette.Rnw:61-62 ################################################### library(Oscope) ################################################### ### code chunk number 3: Oscope_vignette.Rnw:88-91 ################################################### data(OscopeExampleData) str(OscopeExampleData) set.seed(10) ################################################### ### code chunk number 4: Oscope_vignette.Rnw:101-102 ################################################### Sizes <- MedianNorm(OscopeExampleData) ################################################### ### code chunk number 5: Oscope_vignette.Rnw:110-111 ################################################### DataNorm <- GetNormalizedMat(OscopeExampleData, Sizes) ################################################### ### code chunk number 6: Oscope_vignette.Rnw:130-133 ################################################### MV <- CalcMV(Data = OscopeExampleData, Sizes = Sizes) str(MV$GeneToUse) DataSubset <- DataNorm[MV$GeneToUse,] ################################################### ### code chunk number 7: Oscope_vignette.Rnw:153-156 (eval = FALSE) ################################################### ## MV2 <- CalcMV(Data = DataNorm, Sizes = NULL, NormData = TRUE) ## str(MV2$GeneToUse) ## DataSubset2 <- DataNorm[MV2$GeneToUse,] ################################################### ### code chunk number 8: Oscope_vignette.Rnw:174-175 ################################################### DataInput <- NormForSine(DataNorm) ################################################### ### code chunk number 9: Oscope_vignette.Rnw:195-197 (eval = FALSE) ################################################### ## SineRes <- OscopeSine(DataInput) ## str(SineRes) ################################################### ### code chunk number 10: Oscope_vignette.Rnw:203-205 ################################################### SineRes <- OscopeSine(DataInput, parallel=TRUE) str(SineRes) ################################################### ### code chunk number 11: Oscope_vignette.Rnw:217-219 (eval = FALSE) ################################################### ## DataInput2 <- NormForSine(DataSubset) ## SineRes2 <- OscopeSine(DataInput2) ################################################### ### code chunk number 12: Oscope_vignette.Rnw:227-229 ################################################### KMRes <- OscopeKM(SineRes, maxK = 10) print(KMRes) ################################################### ### code chunk number 13: Oscope_vignette.Rnw:268-269 ################################################### ToRM <- FlagCluster(SineRes, KMRes, DataInput) ################################################### ### code chunk number 14: Oscope_vignette.Rnw:271-274 ################################################### print(ToRM$FlagID_bysine) print(ToRM$FlagID_byphase) print(ToRM$FlagID) # all flagged clusters ################################################### ### code chunk number 15: Oscope_vignette.Rnw:283-285 ################################################### KMResUse <- KMRes[-ToRM$FlagID] print(KMResUse) ################################################### ### code chunk number 16: Oscope_vignette.Rnw:294-296 (eval = FALSE) ################################################### ## ENIRes <- OscopeENI(KMRes = KMResUse, Data = DataInput, NCThre = 100) ## print(ENIRes) ################################################### ### code chunk number 17: Oscope_vignette.Rnw:302-303 (eval = FALSE) ################################################### ## ENIRes <- OscopeENI(KMRes = KMResUse, Data = DataInput, NCThre = 100, parallel=TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: Oscope_vignette.Rnw:320-321 (eval = FALSE) ################################################### ## DataNorm2 <- DataNorm[,ENIRes[["cluster2"]]] ################################################### ### code chunk number 19: Oscope_vignette.Rnw:331-336 (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow = c(3,2)) ## for(i in 1:6) ## plot(DataNorm[KMResUse[["cluster2"]][i], ENIRes[["cluster2"]]], ## xlab = "Recovered order", ylab = "Expression", ## main = KMResUse[["cluster2"]][i]) ################################################### ### code chunk number 20: Oscope_vignette.Rnw:348-353 (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow = c(3,2)) ## for(i in 1:6) ## plot(DataNorm[KMResUse[["cluster3"]][i], ENIRes[["cluster3"]]], ## xlab = "Recovered order", ylab = "Expression", ## main = KMResUse[["cluster3"]][i]) ################################################### ### code chunk number 21: Oscope_vignette.Rnw:361-362 ################################################### print(sessionInfo())