### R code from vignette source 'LVSmiRNA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load.lib ################################################### library(LVSmiRNA) ################################################### ### code chunk number 2: import ################################################### dir.files <- system.file("extdata", package="LVSmiRNA") taqman.data <- read.table(file.path(dir.files,"Comparison_Array.txt"),header=TRUE,as.is=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: read.mir (eval = FALSE) ################################################### ## ## here.files <- "some/path/to/files" ## ## NOT RUN ## MIR <- read.mir(taqman.data,path=here.files) ## ################################################### ### code chunk number 4: load ################################################### data("MIR-spike-in") ################################################### ### code chunk number 5: estVC ################################################### MIR.RA <- estVC(MIR) ################################################### ### code chunk number 6: MIR.RA ################################################### data("MIR_RA") ################################################### ### code chunk number 7: plot ################################################### plot(MIR.RA) ################################################### ### code chunk number 8: lvs ################################################### MIR.lvs <- lvs(MIR,RA=MIR.RA) ################################################### ### code chunk number 9: boxplot ################################################### boxplot(MIR.lvs) ################################################### ### code chunk number 10: summarize ################################################### ex.1 <- summarize(MIR,RA=MIR.RA,method="rlm") ex.2 <- summarize(MIR,method="medianpolish") ################################################### ### code chunk number 11: multicore (eval = FALSE) ################################################### ## ## require(multicore) ## options(cores=8) ## ## MIR.RA <- estVC(MIR) ## ################################################### ### code chunk number 12: snow (eval = FALSE) ################################################### ## ## require(snow) ## cl <- makeCluster(8,"SOCK") ## ## MIR.RA <- estVC(MIR,clName=cl) ## ## stopCluster(cl) ## ################################################### ### code chunk number 13: mpi (eval = FALSE) ################################################### ## ## cl <- makeCluster(8,"MPI") ## ## MIR.RA <- estVC(MIR,clName=cl) ## ## stopCluster(cl) ##