### R code from vignette source 'LBE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LBE.Rnw:67-69 ################################################### library(LBE) data(golub.pval) ################################################### ### code chunk number 2: LBE.Rnw:106-107 ################################################### LBE.res <- LBE(golub.pval) ################################################### ### code chunk number 3: LBE.Rnw:112-117 ################################################### #LBE.res <- LBE(golub.pval) names(LBE.res) LBE.res$pi0; LBE.res$pi0.ci; LBE.res$ci.level LBE.res2 <- LBE(golub.pval, ci.level=0.8,plot.type="none") LBE.res2$pi0.ci; LBE.res2$ci.level ################################################### ### code chunk number 4: LBE.Rnw:128-131 ################################################### LBE.res3 <- LBE(golub.pval, FDR.level=0.1,plot.type="none") LBE.res3$qvalues[1:10] LBE.res3$n.significant ################################################### ### code chunk number 5: LBE.Rnw:135-136 ################################################### LBE.res4 <- LBE(golub.pval,FDR.level=NA,n.significant=300) ################################################### ### code chunk number 6: LBE.Rnw:141-142 ################################################### LBE.res4$qvalues[1:10] ################################################### ### code chunk number 7: LBE.Rnw:155-161 ################################################### LBE.res5 <- LBE(golub.pval,a=2,l=NA,plot.type="none") LBE.res5$a; LBE.res5$l; LBE.res5$pi0; LBE.res5$pi0.ci; LBE.res5$n.significant LBE.res6 <- LBE(golub.pval,a=NA,l=0.1,plot.type="none") LBE.res6$a; LBE.res6$l; LBE.res6$pi0; LBE.res6$pi0.ci; LBE.res6$n.significant LBE.res7 <- LBE(golub.pval,a=-1,l=NA,plot.type="none") LBE.res7$a; LBE.res7$l; LBE.res7$pi0; LBE.res7$pi0.ci; LBE.res7$n.significant ################################################### ### code chunk number 8: LBE.Rnw:173-174 ################################################### LBEplot(LBE.res,plot.type="multiple") ################################################### ### code chunk number 9: LBE.Rnw:187-188 ################################################### LBEa(length(golub.pval),l=0.1) ################################################### ### code chunk number 10: LBE.Rnw:198-199 ################################################### LBEsummary(LBE.res) ################################################### ### code chunk number 11: LBE.Rnw:206-207 ################################################### LBEwrite(LBE.res) ################################################### ### code chunk number 12: LBE.Rnw:219-223 ################################################### library(qvalue) qvalue.res <- qvalue(golub.pval) summary(qvalue.res) LBEsummary(LBE.res)