### R code from vignette source 'EBSeqHMM_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: EBSeqHMM_vignette.Rnw:110-112 ################################################### library(EBSeq) library(EBSeqHMM) ################################################### ### code chunk number 2: EBSeqHMM_vignette.Rnw:136-138 ################################################### data(GeneExampleData) str(GeneExampleData) ################################################### ### code chunk number 3: EBSeqHMM_vignette.Rnw:144-146 ################################################### CondVector <- rep(paste("t",1:5,sep=""),each=3) print(CondVector) ################################################### ### code chunk number 4: EBSeqHMM_vignette.Rnw:153-156 ################################################### Conditions <- factor(CondVector, levels=c("t1","t2","t3","t4","t5")) str(Conditions) levels(Conditions) ################################################### ### code chunk number 5: EBSeqHMM_vignette.Rnw:168-169 ################################################### Sizes <- MedianNorm(GeneExampleData) ################################################### ### code chunk number 6: EBSeqHMM_vignette.Rnw:184-185 ################################################### GeneNormData <- GetNormalizedMat(GeneExampleData, Sizes) ################################################### ### code chunk number 7: EBSeqHMM_vignette.Rnw:193-194 ################################################### PlotExp(GeneNormData, Conditions, Name="Gene_23") ################################################### ### code chunk number 8: EBSeqHMM_vignette.Rnw:211-213 ################################################### EBSeqHMMGeneOut <- EBSeqHMMTest(Data=GeneExampleData, sizeFactors=Sizes, Conditions=Conditions, UpdateRd=5) ################################################### ### code chunk number 9: EBSeqHMM_vignette.Rnw:223-226 ################################################### GeneDECalls <- GetDECalls(EBSeqHMMGeneOut, FDR=.05) head(GeneDECalls) str(GeneDECalls) ################################################### ### code chunk number 10: EBSeqHMM_vignette.Rnw:236-238 ################################################### "Gene_23"%in%rownames(GeneDECalls) GeneDECalls["Gene_23",] ################################################### ### code chunk number 11: EBSeqHMM_vignette.Rnw:253-256 ################################################### GeneConfCalls <- GetConfidentCalls(EBSeqHMMGeneOut, FDR=.05,cutoff=.5, OnlyDynamic=TRUE) #str(GeneConfCalls$EachPath) print(GeneConfCalls$EachPath[1:4]) ################################################### ### code chunk number 12: EBSeqHMM_vignette.Rnw:271-273 ################################################### Path4 <- GeneConfCalls$EachPath[["Down-Down-Up-Up"]] print(Path4) ################################################### ### code chunk number 13: EBSeqHMM_vignette.Rnw:279-282 ################################################### head(GeneConfCalls$Overall) print(GeneConfCalls$NumEach) str(GeneConfCalls$EachPathNames) ################################################### ### code chunk number 14: EBSeqHMM_vignette.Rnw:285-286 ################################################### GeneConfCalls$EachPathNames["Down-Down-Down-Down"] ################################################### ### code chunk number 15: EBSeqHMM_vignette.Rnw:325-331 ################################################### data(IsoExampleList) str(IsoExampleList) IsoExampleData <- IsoExampleList$IsoExampleData str(IsoExampleData) IsoNames <- IsoExampleList$IsoNames IsosGeneNames <- IsoExampleList$IsosGeneNames ################################################### ### code chunk number 16: EBSeqHMM_vignette.Rnw:338-339 ################################################### IsoSizes <- MedianNorm(IsoExampleData) ################################################### ### code chunk number 17: EBSeqHMM_vignette.Rnw:361-364 ################################################### NgList <- GetNg(IsoNames, IsosGeneNames) IsoNgTrun <- NgList$IsoformNgTrun IsoNgTrun[c(1:3,101:103,161:163)] ################################################### ### code chunk number 18: EBSeqHMM_vignette.Rnw:374-377 ################################################### CondVector <- rep(paste("t",1:5,sep=""),each=3) Conditions <- factor(CondVector, levels=c("t1","t2","t3","t4","t5")) str(Conditions) ################################################### ### code chunk number 19: EBSeqHMM_vignette.Rnw:385-389 ################################################### EBSeqHMMIsoOut <- EBSeqHMMTest(Data=IsoExampleData, NgVector=IsoNgTrun, sizeFactors=IsoSizes, Conditions=Conditions, UpdateRd=5) ################################################### ### code chunk number 20: EBSeqHMM_vignette.Rnw:401-404 ################################################### IsoDECalls <- GetDECalls(EBSeqHMMIsoOut, FDR=.05) str(IsoDECalls) head(IsoDECalls) ################################################### ### code chunk number 21: EBSeqHMM_vignette.Rnw:420-424 ################################################### IsoConfCalls <- GetConfidentCalls(EBSeqHMMIsoOut, FDR=.05) head(IsoConfCalls$Overall) str(IsoConfCalls$EachPath[1:4]) str(IsoConfCalls$EachPathNames) ################################################### ### code chunk number 22: EBSeqHMM_vignette.Rnw:441-443 ################################################### AllPaths <- GetAllPaths(EBSeqHMMGeneOut) print(AllPaths) ################################################### ### code chunk number 23: EBSeqHMM_vignette.Rnw:450-452 ################################################### AllPathsWithEE <- GetAllPaths(EBSeqHMMGeneOut, OnlyDynamic=FALSE) print(AllPathsWithEE) ################################################### ### code chunk number 24: EBSeqHMM_vignette.Rnw:458-460 ################################################### GeneConfCallsTwoPaths <- GetConfidentCalls(EBSeqHMMGeneOut, FDR=.05, Paths=AllPaths[c(1,16)]) print(GeneConfCallsTwoPaths) ################################################### ### code chunk number 25: EBSeqHMM_vignette.Rnw:473-474 ################################################### GeneNormData <- GetNormalizedMat(GeneExampleData, Sizes) ################################################### ### code chunk number 26: EBSeqHMM_vignette.Rnw:481-484 ################################################### print(GeneConfCallsTwoPaths$EachPath[["Down-Down-Down-Down"]]) GeneOfInterest <- GeneConfCallsTwoPaths$EachPathNames[["Down-Down-Down-Down"]] print(GeneOfInterest) ################################################### ### code chunk number 27: EBSeqHMM_vignette.Rnw:489-491 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) for(i in 1:3)PlotExp(GeneNormData, Conditions, Name=GeneOfInterest[i]) ################################################### ### code chunk number 28: EBSeqHMM_vignette.Rnw:511-513 ################################################### par(mfrow=c(3,2)) QQP(EBSeqHMMGeneOut,GeneLevel=TRUE) ################################################### ### code chunk number 29: EBSeqHMM_vignette.Rnw:529-531 ################################################### par(mfrow=c(3,2)) DenNHist(EBSeqHMMGeneOut, GeneLevel=TRUE) ################################################### ### code chunk number 30: EBSeqHMM_vignette.Rnw:545-547 ################################################### par(mfrow=c(4,4)) QQP(EBSeqHMMIsoOut) ################################################### ### code chunk number 31: EBSeqHMM_vignette.Rnw:559-561 ################################################### par(mfrow=c(4,4)) DenNHist(EBSeqHMMIsoOut) ################################################### ### code chunk number 32: EBSeqHMM_vignette.Rnw:607-608 (eval = FALSE) ################################################### ## IsoNgTrun <- scan(file="output_name.ngvec", what=0, sep="\n")