### R code from vignette source 'AnnotationFuncsUserguide.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:38-42 ################################################### library(org.Bt.eg.db) genes <- c('280705', '280706', '100327208') symbols <- org.Bt.egSYMBOL[genes] toTable(symbols) ################################################### ### code chunk number 2: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:55-61 ################################################### symbols <- c('BCSE','TF','TG') entrez <- org.Bt.egSYMBOL2EG[symbols] entrez <- toTable(entrez)[,'gene_id'] entrez refseq <- org.Bt.egREFSEQ[entrez] toTable(refseq) ################################################### ### code chunk number 3: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:71-74 ################################################### library(AnnotationFuncs) translate(c(280705, 280706, 100327208, 123), org.Bt.egSYMBOL) translate(c('BCSE','TF','TG'), from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egREFSEQ) ################################################### ### code chunk number 4: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:101-108 ################################################### library(AnnotationFuncs) library(org.Bt.eg.db) genes <- c(280705, 280706, 100327208) translate(genes, org.Bt.egGENENAME) translate(genes, org.Bt.egCHR) translate(genes, org.Bt.egENSEMBL) translate(genes, org.Bt.egREFSEQ, remove.missing=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:115-118 ################################################### symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5") translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG) translate(symbols, revmap(org.Bt.egSYMBOL)) ################################################### ### code chunk number 6: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:124-129 ################################################### translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egGENENAME) # As a curiosity, if you specify another organism, you are warned: library(org.Hs.eg.db) translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Hs.egGENENAME) warnings() ################################################### ### code chunk number 7: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:136-140 ################################################### symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5") translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG, org.Bt.egREFSEQ) translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG, org.Bt.egREFSEQ, reduce='first') translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG, org.Bt.egREFSEQ, reduce='last') ################################################### ### code chunk number 8: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:145-146 ################################################### translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG, org.Bt.egREFSEQ, return.list=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:152-153 ################################################### groups <- list('a'=c('ACR','ASM','S','KERA'), 'IL'=c('IL1','IL2','IL3','IL10'), 'bwahh'=c('ACR','SERPINA1','IL1','IL10','CD5')) ################################################### ### code chunk number 10: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:157-158 ################################################### lapply(groups, translate, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, simplify=TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:163-167 ################################################### symbols <- unlist(groups, use.names=FALSE) ent <- translate(symbols, org.Bt.egSYMBOL2EG) ent mapLists(groups, ent) ################################################### ### code chunk number 12: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:187-193 ################################################### symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5") refseq <- translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egREFSEQ) mRNA <- pickRefSeq(refseq, priorities=c('NM','XM')) # Equals pickRefSeq.mRNA mRNA proteins <- pickRefSeq(refseq, priorities=c('NP','XP')) # Equals pickRefSeq.Protein proteins ################################################### ### code chunk number 13: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:205-212 (eval = FALSE) ################################################### ## symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5") ## GOs <- translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egGO) ## # Pick biological process: ## pickGO(GOs, category='BP') ## # Pick only those biological processes for Entrez Gene ID 280730 ## # which have been inferred from sequence similarity or electronic annotation: ## pickGO(translate(280730, org.Bt.egGO), category='BP', evidence=c('ISS','IEA')) ################################################### ### code chunk number 14: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:232-235 ################################################### library(hom.Hs.inp.db) submap <- hom.Hs.inpBOSTA[c('ENSP00000356224','ENSP00000384582','ENSP00000364403')] toTable(submap) ################################################### ### code chunk number 15: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:259-260 ################################################### getOrthologs(c('ENSP00000356224','ENSP00000384582','ENSP00000364403'), hom.Hs.inpBOSTA, 'BOSTA') ################################################### ### code chunk number 16: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:268-270 ################################################### symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5") getOrthologs(symbols, hom.Hs.inpBOSTA, 'BOSTA', pre.from=org.Hs.egSYMBOL2EG, pre.to=org.Hs.egENSEMBLPROT, post.from=org.Bt.egENSEMBLPROT2EG, post.to=org.Bt.egSYMBOL) ################################################### ### code chunk number 17: AnnotationFuncsUserguide.Rnw:287-288 ################################################### sessionInfo()