### R code from vignette source 'yeastUpstream.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: introChunk ################################################### library(harbChIP) data(sceUpstr) sceUpstr getUpstream("YAL001C", sceUpstr) ################################################### ### code chunk number 2: buildUpstream500 (eval = FALSE) ################################################### ## fname = system.file("extdata/utr5_sc_500_20040206.fasta", package="sceUpstr") ## utr5 = readFASTA(fname) ## sceUpstr = buildUpstreamSeqs2(utr5) ## save(sceUpstr, file="sceUpstr.rda")