### R code from vignette source 'TBX20BamSubset.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: TBX20BamSubset.Rnw:54-59 ################################################### library("TBX20BamSubset") fn <- system.file("extdata", "phenoData.txt", package="TBX20BamSubset") pd <- read.table(fn, header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: TBX20BamSubset.Rnw:63-66 ################################################### library(xtable) pd <- xtable(pd, caption="Design of the TBX20 experiment") print(pd) ################################################### ### code chunk number 3: TBX20BamSubset.Rnw:71-74 ################################################### library("Rsamtools") fls <- getBamFileList() bfs <- BamFileList(fls) ################################################### ### code chunk number 4: SessionInfo ################################################### sessionInfo()