### R code from vignette source 'neve06notes.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkm ################################################### library(Neve2006) data(neveRMAmatch) neveRMAmatch experimentData(neveRMAmatch) data(neveCGHmatch) neveCGHmatch all.equal(sampleNames(neveRMAmatch), sampleNames(neveCGHmatch)) ################################################### ### code chunk number 2: lkc ################################################### featureData(neveCGHmatch)[1:5,] ################################################### ### code chunk number 3: lkrp ################################################### pData(featureData(neveCGHmatch))[grep("RP11-265K5", featureNames(neveCGHmatch)),] ################################################### ### code chunk number 4: doid ################################################### library(hgu133a.db) library(annotate) cb = as.list(hgu133aMAP) G8p12ind = grep("8p12", unlist(cb)) ps8p12 = names(unlist(cb)[G8p12ind]) nevex = exprs(neveRMAmatch)[ps8p12,] syms = as.character(unlist(lookUp(rownames(nevex), "hgu133a", "SYMBOL"))) ################################################### ### code chunk number 5: getlr ################################################### nevlr = as.numeric(logRatios(neveCGHmatch)["RP11-265K5",]) ################################################### ### code chunk number 6: dopl ################################################### par(mfrow=c(2,2)) for (i in c(2,8,11,20)) plot( nevlr, nevex[i,], xlab="logratio", ylab="RMA expression", main=syms[i]) par(mfrow=c(1,1))