### R code from vignette source 'DriverNet-Overview.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=60)


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### code chunk number 2: preliminaries
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library(DriverNet)

data(samplePatientMutationMatrix)
data(samplePatientOutlierMatrix)
data(sampleInfluenceGraph)
data(sampleGeneNames)



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### code chunk number 3: options
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options(width=60)


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### code chunk number 4: preliminaries
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# The main function to compute drivers
driversList = computeDrivers(samplePatientMutationMatrix, 
              samplePatientOutlierMatrix,sampleInfluenceGraph,
              outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE)

drivers(driversList)[1:10]


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### code chunk number 5: options
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options(width=60)


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### code chunk number 6: preliminaries
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# random permute the gene labels to compute p-values
randomDriversResult = computeRandomizedResult(
  patMutMatrix=samplePatientMutationMatrix,
  patOutMatrix=samplePatientOutlierMatrix, 
  influenceGraph=sampleInfluenceGraph,
  geneNameList= sampleGeneNames, outputFolder=NULL, 
  printToConsole=FALSE,numberOfRandomTests=20, weight=FALSE, 
  purturbGraph=FALSE, purturbData=TRUE)


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### code chunk number 7: options
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options(width=60)


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### code chunk number 8: preliminaries
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# Summarize the results
res = resultSummary(driversList, randomDriversResult, 
      samplePatientMutationMatrix,sampleInfluenceGraph,
      outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE)
res[1:2,]
