### R code from vignette source 'etec16s.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loading_dataset ################################################### suppressMessages(library(metagenomeSeq)) library(etec16s) data(etec16s) ################################################### ### code chunk number 2: examining_data ################################################### etec16s ################################################### ### code chunk number 3: pheno_data ################################################### phenoData(etec16s) head(pData(etec16s)) ################################################### ### code chunk number 4: feature_data ################################################### featureData(etec16s) head(fData(etec16s)) ################################################### ### code chunk number 5: counts ################################################### head(MRcounts(etec16s[,1:10])) ################################################### ### code chunk number 6: subsetting ################################################### etec16s_day84 = etec16s[,which(pData(etec16s)$Day == 84)] etec16s_day84