### R code from vignette source 'HiC_Human_IMR90.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: describe ################################################### require(HiCDataHumanIMR90) require(HiTC) data(Dixon2012_IMR90) ## Show data show(hic_imr90_40) ## Is my data complete (i.e. composed of intra + inter chromosomal maps) isComplete(hic_imr90_40) ## Note that a complete object is not necessarily pairwise ## (is both chr1-chr2 and chr2-chr1 stored ?) isPairwise(hic_imr90_40) ## Which chromosomes ? seqlevels(hic_imr90_40) ## Details about a given map detail(hic_imr90_40$chrXchrX) ## Descriptive statistics head(summary(hic_imr90_40)) ################################################### ### code chunk number 3: tads ################################################### show(tads_imr90) ################################################### ### code chunk number 4: tads_plot ################################################### ## Extract region regx <- extractRegion(hic_imr90_40$chrXchrX, chr="chrX", from=95000000, to=105000000) ## Plot Hi-C data with TADs plot(regx, tracks=list(tads_imr90), maxrange=20) ################################################### ### code chunk number 5: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)