Overview of the tidySingleCellExperiment package

Stefano Mangiola

2023-04-05

Introduction

tidySingleCellExperiment provides a bridge between Bioconductor single-cell packages [@amezquita2019orchestrating] and the tidyverse [@wickham2019welcome]. It creates an invisible layer that enables viewing the Bioconductor SingleCellExperiment object as a tidyverse tibble, and provides SingleCellExperiment-compatible dplyr, tidyr, ggplot and plotly functions. This allows users to get the best of both Bioconductor and tidyverse worlds.

Functions/utilities available

SingleCellExperiment-compatible Functions Description
all After all tidySingleCellExperiment is a SingleCellExperiment object, just better
tidyverse Packages Description
dplyr All dplyr tibble functions (e.g. tidySingleCellExperiment::select)
tidyr All tidyr tibble functions (e.g. tidySingleCellExperiment::pivot_longer)
ggplot2 ggplot (tidySingleCellExperiment::ggplot)
plotly plot_ly (tidySingleCellExperiment::plot_ly)
Utilities Description
tidy Add tidySingleCellExperiment invisible layer over a SingleCellExperiment object
as_tibble Convert cell-wise information to a tbl_df
join_features Add feature-wise information, returns a tbl_df

Installation

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("tidySingleCellExperiment")

Load libraries used in this vignette.

# Bioconductor single-cell packages
library(scater)
library(scran)
library(SingleR)
library(SingleCellSignalR)

# Tidyverse-compatible packages
library(ggplot2)
library(purrr)
library(tidyHeatmap)

# Both
library(tidySingleCellExperiment)

Create tidySingleCellExperiment, the best of both worlds!

This is a SingleCellExperiment object but it is evaluated as a tibble. So it is compatible both with SingleCellExperiment and tidyverse.

pbmc_small_tidy <- tidySingleCellExperiment::pbmc_small 

It looks like a tibble

pbmc_small_tidy
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 17
## # Features=230 | Assays=counts, logcounts
##    .cell orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents groups
##    <chr> <fct>           <dbl>        <int> <fct>           <fct>         <chr> 
##  1 ATGC… SeuratPro…         70           47 0               A             g2    
##  2 CATG… SeuratPro…         85           52 0               A             g1    
##  3 GAAC… SeuratPro…         87           50 1               B             g2    
##  4 TGAC… SeuratPro…        127           56 0               A             g2    
##  5 AGTC… SeuratPro…        173           53 0               A             g2    
##  6 TCTG… SeuratPro…         70           48 0               A             g1    
##  7 TGGT… SeuratPro…         64           36 0               A             g1    
##  8 GCAG… SeuratPro…         72           45 0               A             g1    
##  9 GATA… SeuratPro…         52           36 0               A             g1    
## 10 AATG… SeuratPro…        100           41 0               A             g1    
## # ℹ 70 more rows
## # ℹ 10 more variables: RNA_snn_res.1 <fct>, file <chr>, ident <fct>,
## #   PC_1 <dbl>, PC_2 <dbl>, PC_3 <dbl>, PC_4 <dbl>, PC_5 <dbl>, tSNE_1 <dbl>,
## #   tSNE_2 <dbl>

But it is a SingleCellExperiment object after all

assay(pbmc_small_tidy)
## 230 x 80 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
##                                                                               
## MS4A1         . .  .  .  . . .  . .  .  2  2  4 4  2  3 3  4  2  3  .  .  .  .
## CD79B         1 .  .  .  . . .  . .  1  2  4  3 3  2  3 1  2  2  5  .  .  .  .
## CD79A         . .  .  .  . . .  . .  .  .  5  2 2  5  8 1  5  5 12  .  .  1  .
## HLA-DRA       . 1  .  .  1 1 .  1 .  . 14 28 18 7 15 28 7 26 10 16  7 22  . 10
## TCL1A         . .  .  .  . . .  . .  .  3  .  2 4  .  . 3  3  3  2  .  .  .  .
## HLA-DQB1      1 .  .  .  . . .  . .  .  1  6  2 2  2  8 2  2  1  2  .  3  .  .
## HVCN1         . .  .  .  . . .  . .  .  3  1  . .  2  . 2  1  1  2  1  .  1  .
## HLA-DMB       . .  .  .  . . .  . .  .  .  4  1 1  2  2 1  2  .  1  .  1  .  1
## LTB           3 7 11 13  3 4 6  4 2 21  2  9  2 4  4  . 3  6  5  7  1  .  .  1
## LINC00926     . .  .  .  . . .  . .  .  .  2  . 1  1  1 .  .  1  .  .  .  .  .
## FCER2         . .  .  .  . . .  . .  .  .  1  1 .  .  . 1  1  .  1  .  .  .  .
## SP100         1 .  1  1  . . .  . .  1  .  3  2 .  1  2 2  .  1  .  .  .  1  .
## NCF1          . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  1 .  .  . 1  2  2  .  .  .  1  .
## PPP3CC        . .  .  .  . 1 .  . .  .  .  1  . 1  .  3 .  .  1  .  .  .  .  .
## EAF2          . .  .  .  . . .  . .  .  3  .  1 .  1  1 .  .  .  .  .  .  .  .
## PPAPDC1B      . .  .  .  . . .  . .  .  .  3  . 1  .  . .  1  .  2  .  .  .  .
## CD19          . .  .  .  . . .  . .  .  .  1  . 2  .  1 .  .  1  .  .  .  .  .
## KIAA0125      . .  .  .  . . .  . .  .  .  1  . .  1  . .  1  .  3  .  .  .  .
## CYB561A3      . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  1 2  1  .  1  .  .  .  .
## CD180         . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  . .  .  1 1  1  .  .  .  .  .  .
## RP11-693J15.5 . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  1 1  .  . .  .  1  .  .  .  .  .
## FAM96A        . 1  .  .  . . .  . .  .  1  .  . .  2  . .  2  1  .  .  .  .  .
## CXCR4         1 1  .  6  . 2 4  1 .  4  2  .  4 1  .  . 4  2  6  2  3  .  .  .
## STX10         . .  1  .  . 1 .  1 .  .  2  .  . .  2  . .  .  1  1  .  .  .  1
## SNHG7         . 2  .  .  . . .  . .  1  .  1  1 .  2  3 .  1  .  1  .  .  .  .
## NT5C          . .  .  .  . . .  . .  .  2  2  1 .  .  . 1  .  1  1  .  .  .  .
## BANK1         . 1  .  .  . . .  . .  .  .  4  . .  1  1 .  1  .  .  .  .  .  .
## IGLL5         . .  .  .  . . .  . .  .  1  . 15 .  .  . . 23  .  .  .  .  .  .
## CD200         . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  . 1  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## FCRLA         . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  . .  .  1 1  .  .  1  .  .  .  .
## CD3D          4 4  4  5  4 4 3  2 2  2  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## NOSIP         . 3  2  2  3 1 1  3 2  1  .  .  . .  .  2 .  .  .  .  .  2  .  .
## SAFB2         . 1  .  1  . 1 1  . .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CD2           1 .  2  2  . 1 .  1 2  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## IL7R          5 2  1  2  2 . 1 12 .  9  .  .  . .  1  . .  .  1  .  1  .  .  .
## PIK3IP1       . .  1  .  . 2 3  2 3  .  .  .  1 .  .  1 .  .  .  1  .  .  .  .
## MPHOSPH6      1 1  .  .  . . 1  1 1  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## KHDRBS1       . 1  1  1 36 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## MAL           1 1  .  1  . . .  1 .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CCR7          . 5  .  .  2 . 1  1 .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  1  .  .  .  .
## THYN1         . 2  1  1  . 2 1  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TAF7          . 2  .  2  1 2 .  2 3  1  1  1  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## LDHB          3 2  1  6  5 3 4  . 1  6  .  1  . .  .  . 2  .  1  .  1  2  .  2
## TMEM123       3 3  .  4  2 1 1  2 1  1  .  1  1 .  .  . 1  3  1  1  .  .  .  .
## CCDC104       . .  .  2  . 1 .  1 .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## EPC1          1 .  1  .  . 1 .  1 1  1  .  .  . .  1  1 .  .  1  .  .  .  .  .
## EIF4A2        3 1  2  5  2 4 3  2 3  .  .  2  1 1  5  . .  1  .  .  .  .  .  .
## CD3E          . 2  1  4  3 1 3  4 2  .  .  .  . .  .  . .  1  1  1  1  .  .  .
## TMUB1         1 .  .  .  . 1 1  1 .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## BLOC1S4       1 .  2  .  2 . .  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ACSM3         1 2  .  .  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TMEM204       1 .  .  .  . . .  1 .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SRSF7         2 .  1  1 54 2 1  1 1  3  1  2  . 1  .  . .  .  .  .  .  2  .  .
## ACAP1         . .  1  2  . 1 2  2 .  1  .  1  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TNFAIP8       1 3  2  3  2 . .  . 1  .  .  .  . .  1  1 .  .  1  1  .  .  .  .
## CD7           2 2  2  3  2 1 .  . 3  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TAGAP         1 1  1  1  . . .  1 2  .  .  .  . .  .  . 1  .  .  .  .  .  .  .
## DNAJB1        2 .  .  2  . . 2  1 1  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ASNSD1        1 .  .  1  . 1 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## S1PR4         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  1  1 .  1  .  .  .  .  .  .
## CTSW          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  1  .  .  .  .  .
## GZMK          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  1  .  .  .  .  .
## NKG7          . .  .  .  1 . .  . .  .  .  .  . 2  .  . .  1  .  .  2  1  .  .
## IL32          1 .  9  8  1 . 3  3 .  3  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## DNAJC2        . .  .  .  . 1 .  . .  .  .  .  1 .  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## LYAR          . 1  1  1  3 . .  . .  .  .  .  . .  .  . 2  .  .  .  .  .  .  .
## CST7          . .  .  .  1 . .  . .  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## LCK           . 3  2  .  1 1 2  . .  2  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CCL5          . .  .  2  . . 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## HNRNPH1       . .  .  .  . . .  1 .  .  .  .  . .  .  1 .  .  .  .  .  .  .  .
## SSR2          . 2  2  4  1 1 .  . .  6  .  1  . .  1  1 .  1  .  .  .  .  .  .
## DLGAP1-AS1    . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GIMAP1        . 2  .  .  . . .  1 .  2  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  1  1
## MMADHC        . .  .  .  1 . .  . .  .  .  2  . .  .  . .  .  .  1  .  .  1  .
## ZNF76         . .  .  1  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## CD8A          . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PTPN22        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  1 .  .  .  .  .  .  .  .
## GYPC          1 2  2  .  . 1 .  . 2  1  .  .  . .  .  . .  .  .  2  .  .  .  .
## HNRNPF        . .  .  1  . 1 .  1 2  .  .  2  1 .  1  . .  1  .  1  1  .  .  .
## RPL7L1        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  1 .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## KLRG1         . .  .  .  . . .  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CRBN          1 .  .  .  . . .  . .  .  .  1  . .  1  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SATB1         . .  .  .  . . .  1 .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SIT1          . .  .  .  . . .  . .  .  1  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PMPCB         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## NRBP1         . .  .  1  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TCF7          . .  1  .  1 . .  . 1  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## HNRNPA3       . .  .  1  2 . .  . .  .  1  1  . .  .  . .  .  1  .  2  .  .  .
## S100A8        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  . 18  5 25  5
## S100A9        . 1  1  .  . . .  1 .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  . 30 12 51 22
## LYZ           1 1  1  .  . 1 .  . 1  .  1  4  . 1  .  . .  1  1  . 50 29 25 49
## CD14          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  2  2  4
## FCN1          1 1  .  .  . . .  . 1  .  1  .  . .  .  . .  .  .  . 10  6  5  9
## TYROBP        . .  .  2  . . 1  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  . 14 13  3 10
## ASGR1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  3  2  .  .
## NFKBIA        . .  1  1  . . .  . .  4  .  1  1 .  1  . .  .  1  1  3 13  5  .
## TYMP          . .  .  .  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  4  7  1  6
## CTSS          1 1  .  .  1 2 .  1 1  1  1  .  1 .  .  . 1  2  .  2 15  9  1  5
## TSPO          . .  .  .  1 1 1  . .  1  .  1  . .  .  1 1  .  .  .  1  2  6  .
## RBP7          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  1  .  .  .  1  .
## CTSB          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  4
## LGALS1        1 .  1  2  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  2 14 10  8
## FPR1          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  1  1  .
## VSTM1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## BLVRA         . .  1  .  . . .  . .  .  .  1  . .  .  . 1  .  .  .  1  3  1  2
## MPEG1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  1 .  .  . .  .  .  .  1  1  .  1
## BID           1 .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  2 27  .  1
## SMCO4         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  1  .  2
## CFD           . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  3  4  2  1
## LINC00936     . .  .  1  . . .  . 1  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  5  1  .  .
## LGALS2        . .  .  .  . . 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  . 12  6  2  1
## MS4A6A        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  1  1
## FCGRT         . 1  .  .  . . .  . .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  2  .  .  1
## LGALS3        . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  4  .  4
## NUP214        . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SCO2          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  1  .
## IL17RA        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## IFI6          1 .  .  .  . . .  1 .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  5  3  .  .
## HLA-DPA1      . .  .  .  . . .  . .  .  3  8  2 2  5  9 .  5  1  5  . 13  2  1
## FCER1A        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CLEC10A       . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DMA       . .  1  .  . . .  . .  .  .  1  . .  .  4 1  1  .  1  .  4  1  1
## RGS1          . .  .  .  . . 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DPB1      . .  .  .  . . .  . .  .  4 10  4 4  8 23 7  .  4  6  . 18  1  2
## HLA-DQA1      . .  .  1  . . .  . .  .  .  4  4 1  .  8 1  5  .  1  1  5  .  .
## RNF130        . .  .  .  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## HLA-DRB5      . .  .  .  . . 1  . .  .  1  4  3 .  4  8 1  2  2  4  .  8  1  1
## HLA-DRB1      . .  .  .  . . .  . .  .  2 10  6 1  5 16 5 11  5  8  2 12  1  5
## CST3          . .  .  .  . 1 .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  1  1 13 28 15 11
## IL1B          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  4  .  .  .
## POP7          . .  .  .  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  1  .
## HLA-DQA2      . .  .  .  . . .  . .  .  .  2  . .  1  . 1  1  .  .  .  2  .  .
## CD1C          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GSTP1         . .  1  .  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  3 .  1  .  .  2  3  1  6
## EIF3G         1 1  1  1  2 . .  1 .  2  .  1  . .  .  2 .  .  .  .  .  .  1  .
## VPS28         . .  .  3  . . .  . 1  .  .  .  1 .  2  . .  .  .  .  .  .  .  1
## LY86          . .  .  .  . . .  . .  .  1  1  . 1  .  . .  2  1  1  .  .  .  .
## ZFP36L1       . .  1  .  1 1 .  . .  .  .  .  . .  1  . .  .  .  1  .  1  .  .
## ZNF330        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ANXA2         . .  .  .  1 1 .  . .  1  .  1  1 .  .  1 .  .  .  .  1  3  .  3
## GRN           . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  4  1  1  .
## CFP           . .  .  .  . . .  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  7  1  1
## HSP90AA1      2 .  1  2  3 2 2  1 .  3  .  .  1 .  .  2 4  .  .  1  .  .  .  .
## FUOM          . .  .  .  . . .  . .  1  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## LST1          . .  .  3  2 1 .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  1  .  3  6  1  4
## AIF1          2 .  1  .  . . 2  1 .  .  .  .  . .  1  . .  .  .  1  5  7  6  5
## PSAP          . .  2  .  3 2 .  . .  .  .  .  . .  2  . .  .  .  .  6  5  1  5
## YWHAB         . .  .  1  1 . .  1 .  1  .  .  2 .  1  . .  1  1  .  1  .  .  1
## MYO1G         . .  2  1  . 1 .  . .  .  .  1  1 .  1  . .  .  .  .  .  1  1  .
## SAT1          . 1  .  .  . 1 1  1 1  2  .  1  . .  2  5 .  .  .  .  4 15  8  5
## RGS2          . .  1  1  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  3  .  .  .
## SERPINA1      . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  1 .  .  .  .  6  4  .  2
## IFITM3        . .  1  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  5  .  .
## FCGR3A        . .  .  .  1 . .  1 .  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  1  1  .  .
## LILRA3        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## S100A11       2 .  1  2  1 . .  1 1  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  2 10  4  2
## FCER1G        . .  1  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  1 .  .  .  .  6  3  4  6
## TNFRSF1B      . .  .  .  . . .  . .  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## IFITM2        3 .  3  3  1 3 3  1 .  3  .  1  2 .  1  . .  .  2  3  6  4  .  .
## WARS          1 .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  2  .  .
## IFI30         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## MS4A7         . .  .  1  . . .  . .  .  .  2  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## C5AR1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  1  .  .
## HCK           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  1  .  .
## COTL1         . .  4  2  1 2 .  1 1  3  .  2  . .  .  1 .  1  .  .  6 15  2  4
## LGALS9        . .  .  1  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  1  .  .
## CD68          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  2  4  .
## RP11-290F20.3 . .  1  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## RHOC          . .  .  1  1 . .  . .  .  .  .  . .  .  1 .  .  .  .  .  1  .  .
## CARD16        1 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  2  1  1  1
## LRRC25        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . 1  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## COPS6         . .  1  .  . . 1  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ADAR          . .  .  1  1 . .  . .  .  .  1  . 1  .  . .  .  1  .  .  1  1  .
## PPBP          . .  1  .  . . .  . .  .  .  1  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GPX1          . .  .  1  1 1 .  1 .  1  .  1  1 .  1  . 1  .  .  .  4  5  3  5
## TPM4          . .  .  .  1 . .  1 .  .  .  .  . .  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## PF4           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SDPR          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## NRGN          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## SPARC         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GNG11         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CLU           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## HIST1H2AC     . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## NCOA4         . 1  .  .  . . .  . 1  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GP9           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## FERMT3        . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ODC1          1 .  .  .  . 1 .  . .  .  .  .  . .  1  1 .  .  .  .  .  .  .  .
## CD9           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  3
## RUFY1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  1  . .  .  .  1  .  .  .  .
## TUBB1         . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TALDO1        1 2  .  .  2 . .  . .  .  .  .  . .  1  2 .  .  .  .  1  1  2  3
## TREML1        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## NGFRAP1       . .  .  .  . 1 .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PGRMC1        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CA2           . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ITGA2B        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## MYL9          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TMEM40        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PARVB         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PTCRA         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ACRBP         1 .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TSC22D1       . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## VDAC3         . .  .  1  . . 1  . .  1  . 29  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GZMB          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## GZMA          . .  .  .  . . 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GNLY          . .  .  1  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## FGFBP2        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  1 .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## AKR1C3        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## CCL4          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  1  .  .  .
## PRF1          . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## GZMH          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## XBP1          1 .  1  1  2 . .  1 .  .  .  1  . .  1  . .  .  .  .  1  .  .  .
## GZMM          . 1  .  .  1 1 .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PTGDR         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## IGFBP7        . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## TTC38         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## KLRD1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ARHGDIA       . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  1 .  .  1  .  .  .  .  .
## IL2RB         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  1  .  .  .  .  .  .
## CLIC3         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  1 .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PPP1R18       . 1  .  .  . 1 .  . .  1  .  .  1 .  1  . .  .  1  .  .  2  .  .
## CD247         . 1  1  .  2 1 .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## ALOX5AP       1 .  .  .  1 . .  1 .  .  1  .  . .  .  2 1  .  1  .  .  .  .  .
## XCL2          . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## C12orf75      . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## RARRES3       1 .  .  3  . 1 1  . 1  .  .  2  . .  1  . .  .  .  .  .  .  .  .
## PCMT1         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  1
## LAMP1         1 .  .  .  . . 1  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## SPON2         . 1  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
## S100B         . .  .  .  . . .  . .  .  .  .  . .  .  . .  .  .  .  .  .  .  .
##                                                                               
## MS4A1          1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD79B          .  .  .  .  .  1  1  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD79A          .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DRA        6  .  4  3  7 13  .  1  .  .  1  .  1  1  .  .  .  .  . .  .  1
## TCL1A          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DQB1       .  .  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HVCN1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DMB        .  .  .  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LTB            1  .  .  .  .  1  1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  1  1 1  7  1
## LINC00926      .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FCER2          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## SP100          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  1  .  .  .  .  .  .  . .  1  .
## NCF1           1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## PPP3CC         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1  .  .  .  . .  .  .
## EAF2           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## PPAPDC1B       .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD19           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## KIAA0125       .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CYB561A3       .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD180          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## RP11-693J15.5  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FAM96A         .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 1  .  .
## CXCR4          .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  4  .  7  1  3 .  6  1
## STX10          .  .  .  1  .  .  .  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  1  .
## SNHG7          .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  . .  1  .
## NT5C           .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  1  .  .  .  .  1  .  .  . .  .  3
## BANK1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## IGLL5          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD200          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FCRLA          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD3D           1  .  .  .  .  .  .  7  .  .  .  .  1  .  1  .  .  2  3 .  3 15
## NOSIP          1  .  .  .  .  .  1  .  1  1  .  .  .  2  .  .  1  .  . .  .  .
## SAFB2          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD2            .  .  .  .  .  .  .  2  .  .  .  .  .  .  .  2  .  .  . .  .  .
## IL7R           .  1  .  .  .  1  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  3 1  1  1
## PIK3IP1        .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## MPHOSPH6       .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  . .  .  .
## KHDRBS1        .  .  .  .  1  .  1  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## MAL            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CCR7           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## THYN1          1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  . .  1  .
## TAF7           .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  1
## LDHB           1  .  1  .  .  .  .  .  .  2  2  .  1  .  .  .  2  1  4 .  4  4
## TMEM123        3  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  2  . 1  .  .
## CCDC104        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  1  .
## EPC1           .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  . .  .  .
## EIF4A2         1  .  1  1  .  1  2  2  .  2  .  .  .  1  3  1  1  .  . 1  2  .
## CD3E           .  .  .  .  .  .  .  1  .  1  .  .  .  .  1  .  1  .  2 .  1  2
## TMUB1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  .  .
## BLOC1S4        .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  1  1  .  .  .  .  .  . .  .  .
## ACSM3          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## TMEM204        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## SRSF7          1  .  .  .  .  3  1  .  1 15  .  .  .  .  .  1  2  1  3 1  .  1
## ACAP1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  1  .  1  .  .  1 .  .  .
## TNFAIP8        1  .  .  1  .  .  .  .  .  1  .  .  1  .  .  .  .  .  1 .  .  .
## CD7            .  .  .  .  .  .  3  .  1  1  1  3  4  2  1  1  2  1  4 .  2  .
## TAGAP          1  .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  2
## DNAJB1         .  .  .  .  1  .  .  .  .  1  .  .  2  .  .  .  .  1  . .  .  .
## ASNSD1         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## S1PR4          1  .  .  .  1  .  1  .  .  .  .  .  1  1  1  .  .  1  1 1  .  .
## CTSW           .  .  .  .  .  .  1  3  2  3  2  4  8  6  1 11  1  4  1 2  1  2
## GZMK           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  2 1  2  .
## NKG7           .  .  1  .  .  1 35 14 12 30 20 27 28 10 25 27 31 22  7 2  4 14
## IL32           .  .  .  .  .  .  .  2  .  5  4  .  .  .  .  7  8  5  5 .  7  1
## DNAJC2         1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## LYAR           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  .  .  1  1  .  1  1 2 47  .
## CST7           .  .  .  .  .  .  4  4  2  7  2  4  3  3  2  5  2  3  1 1  .  2
## LCK            .  .  .  .  .  .  .  1  .  2  1  1  1  2  1  .  1  1  2 .  1  2
## CCL5           .  .  .  .  .  1  .  2  5 14  . 29  1  7  5 25  . 14 27 3 13 17
## HNRNPH1        .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  1  .  1 .  .  1
## SSR2           3  .  1  .  1  .  .  2  .  .  1  .  1  .  1  2  1  2  1 1  1  2
## DLGAP1-AS1     .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  1  .
## GIMAP1         1  .  .  .  .  .  .  .  1  1  .  2  .  1  1  1  1  .  2 1  .  .
## MMADHC         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  1  1  2  . 1  1  1
## ZNF76          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  1  .
## CD8A           .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  3 .  1  3
## PTPN22         .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## GYPC           .  .  .  .  1  .  1  1  .  1  1  .  .  1  .  1  .  1  3 .  1  .
## HNRNPF         1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  1  1  1  2  1  1  2  1 1  1  .
## RPL7L1         .  .  1  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . 1  .  1
## KLRG1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  .  .  3  .  2  .  1  . .  .  .
## CRBN           .  .  .  .  .  1  1  1  1  .  .  .  .  .  .  2  1  1  . 1  1  1
## SATB1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  1  1 .  .  .
## SIT1           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1 1  1  2
## PMPCB          .  .  .  .  .  .  .  1  1  1  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  2  1
## NRBP1          .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  2  .  .  .  .  1  . 1  1  .
## TCF7           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1 1  2  .
## HNRNPA3        .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  2  1  1  1  1  .  2  1  2 .  2  1
## S100A8        25  6 24 40 16 11  1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## S100A9        85  3 54 55 35 17  .  .  .  1  1  .  1  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LYZ           98 11 59 28 34 16  .  .  1  .  2  .  .  1  .  .  .  1  1 .  .  .
## CD14           1  .  1  1  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FCN1           7  1  1  2  8  7  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  . .  .  .
## TYROBP        16  4 13 12 19 12  3  .  4  3  6  7  3  4  5 15  2  .  1 1  .  .
## ASGR1          1  .  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## NFKBIA        11  .  2  3  5 10  .  1  .  1  .  1  .  .  .  .  5  1  1 .  .  .
## TYMP           5  1  6  4  5  1  .  .  .  2  .  .  .  .  .  1  .  .  . .  .  .
## CTSS           7  3  4  4 11  7  .  .  1  .  .  .  1  .  .  4  1  1  . .  1  .
## TSPO          36  1  5  .  3  5  1  .  .  .  .  .  1  1  1  .  1  1  . .  2  .
## RBP7           2  1  4  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CTSB           1  1  7  1  1  2  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LGALS1        11  4  6  7 22 37  3  4  9  6  1  3 14  2  1  4  1  3  . .  .  .
## FPR1           1  1  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## VSTM1          1  .  1  2  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## BLVRA          .  1  .  1  1  3  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1 .  .  .
## MPEG1          1  1  .  .  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## BID            1  1  .  .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  . .  .  .
## SMCO4          1  .  1  .  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CFD            1  .  .  2 15  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## LINC00936      1  1  .  .  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LGALS2         6  .  .  .  5  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1 .  .  .
## MS4A6A         2  2  1  3  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FCGRT         14  1  2  .  1  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LGALS3         4  1  3  .  2  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## NUP214         1  1  3  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## SCO2           .  .  .  2  .  5  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## IL17RA         1  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## IFI6           3  .  1  5  .  4  .  .  .  .  1  .  1  1  2  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DPA1       .  1  .  .  7  6  .  1  .  2  .  .  1  .  .  .  .  .  . .  1  3
## FCER1A         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  .  .
## CLEC10A        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DMA        .  .  .  .  1  2  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## RGS1           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DPB1       .  3  .  1  7  7  2  4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  4  . .  1  2
## HLA-DQA1       .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## RNF130         2  .  .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HLA-DRB5       .  .  .  .  4  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  1
## HLA-DRB1       1  .  3  .  5  3  .  2  .  1  .  .  .  .  1  .  .  .  . .  .  3
## CST3          13  7 37  5 20 18  1  .  .  .  .  .  1  1  .  .  .  .  . .  .  .
## IL1B           .  1  .  .  2  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## POP7           .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1 .  .  .
## HLA-DQA2       .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## CD1C           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## GSTP1          5  1  3  1  4  2  1  2  .  1  2  .  1  2  .  1  2  .  . .  .  .
## EIF3G          2  .  .  1  2  1  3  .  1  .  3  .  .  1  .  3  1  1  . .  .  .
## VPS28          2  .  1  1  1  .  .  .  1  1  1  .  1  1  1  1  .  .  . .  .  .
## LY86           2  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## ZFP36L1        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## ZNF330         .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  . .  .  .
## ANXA2          1  1  1  .  2  3  1  .  .  4  1  .  4  1  .  1  .  .  1 .  .  .
## GRN            1  .  5  1  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CFP            1  .  2  .  2  1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HSP90AA1       .  .  .  .  3  3  1  4  5  1  1  .  1  .  .  .  .  .  . 2  .  1
## FUOM           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## LST1           8  3  5  .  7 13  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## AIF1           4  3  1  2 10 12  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  2  .
## PSAP           3  2  1  1  6  4  .  1  2  .  1  .  1  1  .  .  3  1  . .  1  .
## YWHAB          2  .  .  1  2  .  2  .  1  1  .  1  .  1  .  2  .  1  1 .  .  1
## MYO1G          .  .  .  .  2  .  1  .  1  .  .  .  .  .  1  1  1  1  . .  1  1
## SAT1           4  2  8  2 11 18  3  .  .  .  .  .  1  .  1  1  .  1  3 .  .  .
## RGS2           3  .  1  1  1  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  1 .  .  .
## SERPINA1       .  .  1  .  3  3  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  . .  .  .
## IFITM3         .  2  4  1  2  7  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FCGR3A         .  .  .  .  .  1  6  2  2  1  .  1  2  1  2  6  2  .  . .  .  .
## LILRA3         .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## S100A11        2  2  1  6  5  6  6  .  .  .  .  .  1  1  .  .  1  .  . .  1  1
## FCER1G         1  2  4  4  9  8  8  .  3  1  2  5  6  6  1  6  3  .  . .  .  .
## TNFRSF1B       1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  1  .  .  .  . .  .  .
## IFITM2         1  1  .  1  3  6  8  2  3  5  2  1  5  1  3  2  7  4  2 2  5  1
## WARS           .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  1  .
## IFI30          1  .  .  2  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## MS4A7          2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## C5AR1          .  .  .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HCK            .  .  1  .  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## COTL1          7  3  6  .  4 20  .  1  1  .  .  .  1  .  .  .  1  2  . .  5  1
## LGALS9         .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD68           .  .  3  .  1  3  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## RP11-290F20.3  .  .  .  .  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## RHOC           .  .  .  .  .  1  2  .  .  1  .  1  3  1  1  2  .  .  . .  .  .
## CARD16         1  1  1  .  .  2  .  2  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  1
## LRRC25         .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## COPS6          .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  1  .  .  3  .  1  . .  .  .
## ADAR           .  .  1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 1  .  .
## PPBP           1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## GPX1          12  1 15  2  3  1  .  1  .  .  .  .  2  .  1  .  .  .  . 1  1  .
## TPM4           1  .  1  .  .  .  2  1  .  .  .  .  1  1  1  .  .  .  . .  .  .
## PF4            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## SDPR           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## NRGN           .  .  .  .  .  2  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## SPARC          .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## GNG11          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CLU            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## HIST1H2AC      .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## NCOA4          .  1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## GP9            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## FERMT3         .  .  .  1  1  .  1  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  1  . 1  .  .
## ODC1           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CD9            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## RUFY1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  . .  .  .
## TUBB1          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## TALDO1         5  1  2  .  3  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  1  .  . .  .  .
## TREML1         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## NGFRAP1        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## PGRMC1         .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## CA2            .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## ITGA2B         .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## MYL9           .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## TMEM40         .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## PARVB          .  .  1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  . .  .  .
## PTCRA          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## ACRBP          .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## TSC22D1        .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . .  .  .
## VDAC3          1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  2  .  .  1  1  .  . .  .  .
## GZMB           1  .  .  .  .  . 27  2  1 10  8  5 10  7  4 11  3  .  . .  .  .
## GZMA           .  .  .  .  .  .  2  5  3  4 10  8 12 10  3 13  1  8  2 1  .  .
## GNLY           .  .  .  .  .  . 35  . 15  3 29 11 22 15 18 18 10  .  . 3  .  .
## FGFBP2         .  .  1  .  .  .  5  3  9  2  6  3  6  8  2  5  4  1  . .  .  2
## AKR1C3         .  .  .  .  .  .  7  .  1  1  .  1  5  4  1  1  .  .  . .  .  .
## CCL4           .  .  .  .  .  .  5  3  1  .  3  1  1  2  1  1  3  .  . .  .  .
## PRF1           .  .  .  .  .  . 14  1  4  9  7 10 10  2  4  7  6 13  . .  .  .
## GZMH           .  .  .  .  .  .  .  3  5  7  1  .  3  1  .  2  6  .  . .  .  .
## XBP1           .  .  .  .  .  .  1  1  2  2  4  1  .  2  1  3  1  .  . .  .  .
## GZMM           .  .  .  .  .  .  .  4  2  1  1  2  3  2  2  6  2  1  . .  1  .
## PTGDR          .  .  .  .  .  .  .  1  1  1  .  .  1  .  1 51  .  .  . .  1  .
## IGFBP7         .  .  1  .  1  .  4  .  .  3  .  1  7  4  .  3  1  .  . .  .  .
## TTC38          .  .  .  .  .  .  2  1  1  1  .  .  1  .  1  1  1  .  . .  .  .
## KLRD1          .  .  .  .  1  .  1  .  1  1  .  1  2  2  1  .  1  .  1 .  .  .
## ARHGDIA        .  .  1  1  1  .  1  1  1  1  1  .  1  .  1 25  1  .  . .  .  .
## IL2RB          .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  2  1  1  1  .  3  .  .  . .  .  .
## CLIC3          .  .  .  .  .  .  3  .  4  .  1  2  3  .  1  .  .  .  . .  .  .
## PPP1R18        .  .  .  1  .  .  2  2  1  1  1  1  3  .  3  1  .  1  2 .  .  1
## CD247          .  .  .  .  .  1  3  1  1  3  .  2  2  .  1  1  2  1  . .  .  .
## ALOX5AP        .  .  .  1  .  .  3  .  2  1  1  3  1  2  1  2  .  2  . .  .  .
## XCL2           .  .  .  .  .  .  .  1  3  2  .  .  .  .  1  2  .  1  . .  .  .
## C12orf75       .  .  .  .  .  .  4  1  .  1  .  .  4  2  1  2  .  1  . .  .  .
## RARRES3        .  .  1  .  .  .  7  3  2  .  1  3  3  5  .  1  .  2  1 1  .  2
## PCMT1          .  1  .  .  .  2  1  . 58  .  .  1  .  2  1  .  .  1  . .  .  .
## LAMP1          .  .  .  .  .  .  .  .  1  2  1  3  2  1  2  1  .  1  . 1  .  .
## SPON2          1  .  .  .  .  .  3  5  1  3  .  .  1  2  .  2  3  .  . .  .  .
## S100B          .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 10  .  .  1  .  1  .  .  . .  .  .
##                                                                               
## MS4A1          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CD79B          . .  .  .  1  .  1  1  2  2  .  .  3  .   .  .  .  4   1   .  .
## CD79A          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  8   .   .  .
## HLA-DRA        1 1  .  . 10 10  4  1  6 28 10 13  5  8 108 93 41 42 138  77 76
## TCL1A          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  4   .   .  .
## HLA-DQB1       . .  .  .  .  1  1  .  2  .  .  1  1  .  21 21  3  5  11  11 10
## HVCN1          . .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1  .   .  .  .  .   .   .  .
## HLA-DMB        . .  .  .  .  .  .  1  1  .  .  1  .  1   3  2  1  4   5   2  1
## LTB            . 1  5  3  1  2  .  .  1  1  1  1  2  1   .  1  .  5   .   .  .
## LINC00926      . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## FCER2          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## SP100          . .  .  .  .  .  .  .  1  .  1  .  .  .   1  .  .  3   1   .  .
## NCF1           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PPP3CC         . 1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## EAF2           . .  .  .  1  .  .  .  1  .  .  .  .  .   1  .  .  .   1   .  1
## PPAPDC1B       . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  1   .   .  .
## CD19           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## KIAA0125       . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CYB561A3       . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CD180          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## RP11-693J15.5  . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  1   .   .  .
## FAM96A         . .  .  .  .  .  .  .  1  1  1  1  .  .   2  .  .  .   .   1  .
## CXCR4          . 1  .  1  .  1  .  1  .  .  .  .  1  2  12  3  1  3   .   1  2
## STX10          . .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  1  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## SNHG7          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1   .  2  1  1   .   .  .
## NT5C           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  1  1   1   .  .
## BANK1          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## IGLL5          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CD200          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## FCRLA          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  2   .   .  .
## CD3D           1 3  6  4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## NOSIP          1 .  .  1  .  2  .  .  .  1  1  .  .  .   1  1  .  .   .   1  .
## SAFB2          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CD2            2 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   2   1  .
## IL7R           . 2  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  1  1  .   1   .  .
## PIK3IP1        . 1  .  1  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## MPHOSPH6       . .  .  .  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## KHDRBS1        . .  2  .  .  .  .  .  .  .  1  .  1  .   1  .  .  .   1   .  1
## MAL            . .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CCR7           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## THYN1          . 1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## TAF7           1 .  .  .  .  .  .  .  .  2  3  .  .  1   .  .  1  1   1   1  .
## LDHB           . .  .  2  .  .  1  .  .  2  .  1  .  1   2  .  .  5   2   2  .
## TMEM123        . 1  .  .  1  1  .  1  1  .  .  .  .  1   .  .  .  2   3   1  .
## CCDC104        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## EPC1           . .  .  .  .  .  .  .  .  2  .  .  .  1   .  .  .  .   .   .  .
## EIF4A2         2 3  .  1  .  2  .  .  2  .  1  .  2  1   4  .  .  4   2   4  1
## CD3E           . 1  5  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## TMUB1          . .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  1  .  .   .  1  .  .   .   .  .
## BLOC1S4        . .  .  .  .  1  .  .  .  .  1  .  .  .   .  .  .  .   .   1  .
## ACSM3          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## TMEM204        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## SRSF7          1 1  .  1  .  1  .  .  .  1  .  3  1  .   .  2  1  1   3   .  1
## ACAP1          . .  .  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   1   .  .
## TNFAIP8        . .  .  .  1  .  .  .  .  1  .  .  .  1   .  1  1  .   4   .  2
## CD7            . .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## TAGAP          . .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .   .  1  .  .   .   .  .
## DNAJB1         . .  .  1  1  1  1  .  .  .  1  .  .  1   .  2  .  2   .   1  .
## ASNSD1         . .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## S1PR4          1 . 39  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  2   3  .  .  2   .   .  1
## CTSW           2 1  5  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  1  .   1   .  .
## GZMK           . 2  .  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## NKG7          16 4 29  8  5  3  .  .  .  .  5  .  .  .   .  1  .  .   1   3  .
## IL32           6 7  6  1  .  .  .  .  .  .  1  1  .  .   .  .  .  .   1   .  .
## DNAJC2         1 1  1  1  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1   .  .  .  1   .   1  .
## LYAR           1 1  1  1  .  2  .  .  .  .  2  .  1  .   .  .  .  .   .   1  .
## CST7           8 4  5  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   1   1  .
## LCK            1 1  1  1  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CCL5           7 3 16 12  3  1  .  .  .  .  .  .  .  .   .  1  .  .   1   1  .
## HNRNPH1        . 1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   2  .  .  .   1   .  .
## SSR2           4 1  2  4  2  1  .  .  2  .  3  1  3  1   .  2  3  .   1   3  2
## DLGAP1-AS1     . .  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## GIMAP1         1 1 17  .  .  .  1  .  1  .  1  .  2  .   1  .  .  1   1   .  .
## MMADHC         . 1  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  1   2   2  .
## ZNF76          1 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CD8A           3 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PTPN22         . 1  1  2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## GYPC           . 7  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  1  .   .   .  .
## HNRNPF         1 2  .  2  .  1  .  .  .  .  1  1  .  1   .  .  1  1   .   .  2
## RPL7L1         . 1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   1  1
## KLRG1          1 4  1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CRBN           1 .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  .   1  .  1  .   1   .  .
## SATB1          . .  . 13  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## SIT1           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PMPCB          . 1  .  .  .  1  .  .  .  1  .  .  .  .   .  .  .  .   1   .  .
## NRBP1          . 1  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## TCF7           . .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1   1  .  .  .   .   .  1
## HNRNPA3        . 1  2  .  .  1  .  .  .  2  1  1  .  1   1  .  .  .   1   4  .
## S100A8         . .  .  .  2  2  .  4  3  .  1  1  2  .   .  2  .  2   1   9  1
## S100A9         . .  .  . 20  6  1  . 10  4  8  6  .  .   .  .  1 10   .  41 11
## LYZ            . 1  .  . 41  4  3  3 14 17  7  6  9  6  76 20 24 79  53  53 87
## CD14           . .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .   .  .  .  2   2   1  1
## FCN1           1 .  .  2 13  7  5  1  4  3  1  1  2  .   .  .  3  1   2   4  6
## TYROBP         . .  .  . 11 21  2  5 21 13 16  9 16 17   2  8  6  9  11  14 10
## ASGR1          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  1   .   1  .
## NFKBIA         1 .  1  .  2  2  2  .  2  1  1  1  2  9   2  2  .  1   1   6  1
## TYMP           . .  .  .  6  5  1  1  6  4  3  2  4  5   1  3  2  5  14  11  3
## CTSS           . .  .  .  8  8  7  3 10 15 18 19  4 17   5  3  1  5   .   3  6
## TSPO           1 .  .  .  2  4  .  1  2  3  6  4  2  5   1  .  .  4   2   5 10
## RBP7           . .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CTSB           . .  1  .  4  .  1  .  1  .  3  .  .  2   1  1  .  2   .   2  2
## LGALS1         1 .  1  .  5 12  4  2 16 10  6  2 12 16   8 13 21  9  20  10 23
## FPR1           . .  .  .  .  .  .  .  2  .  1  .  2  1   .  .  .  .   .   2  1
## VSTM1          . .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  1   .  .  .  .   .   .  .
## BLVRA          . 1  .  .  .  .  .  .  2  2  5  1  2  .   1  .  1  .   .   .  1
## MPEG1          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .   .  .  1  .   2   1  .
## BID            . .  .  .  1  1  1  .  3  6  1  2  2  4   2  2  2  2   .   .  3
## SMCO4          . .  .  .  .  1  1  .  1  2  1  1  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CFD            . .  .  .  4  5  2  .  .  5  2  3  2  3   .  .  .  .   1   2  .
## LINC00936      . .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1  3  1   2  1  1  .   3   1  1
## LGALS2         . .  .  .  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .   3 10  1  2   3   4  4
## MS4A6A         . .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .   4  1  .  7   7   .  2
## FCGRT          . .  .  .  3  2  .  1  3  1  1  .  1  1   3  1  .  2   2   3  3
## LGALS3         . 1  .  .  2  2  .  .  4  2  .  2  1  .   .  5  1  .   6   2  7
## NUP214         . .  .  .  .  .  .  .  2  .  1  2  .  .   .  .  1  1   .   1  .
## SCO2           . .  .  .  1  .  .  .  1  1  .  .  1  2   .  .  2  .   1   .  .
## IL17RA         . .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## IFI6           . .  1  .  .  2  .  1  1  3  1  3  .  2   .  4  .  2   6   2  5
## HLA-DPA1       . .  1  . 12  4  2  1  5  5  7 14  5 11  75 52 11 19  54  23 45
## FCER1A         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  16  1  2  4   8   5  8
## CLEC10A        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  5  2  4   2   3  6
## HLA-DMA        . .  .  .  1  .  .  .  .  4  .  .  .  .   6  6  5  4   6   5  6
## RGS1           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   3  3  1  3   .   1  3
## HLA-DPB1       . .  .  .  8  3  5  2  3  7  6  5  9  4 102 78 23 25  69  24 43
## HLA-DQA1       . .  .  .  .  2  .  .  .  1  1  2  .  .  25 39  5  2  16   6 11
## RNF130         . .  .  .  .  .  .  1  .  .  1  1  2  2   2  2  .  1   1   1  6
## HLA-DRB5       . .  .  .  4  5  .  .  3  3  6  3  6  2  11 26  5  2  31  21 21
## HLA-DRB1       . .  .  .  8  4  .  .  7  7 13  6  6  4  50 53 10  9  68  36 49
## CST3           . 1  .  . 16 32  7  9 11 17 33 10 15 25  61 31 25 14  58 112 37
## IL1B           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .   1  8  .  3   1   2  3
## POP7           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  1  .  .   .  1  1 33   .   .  .
## HLA-DQA2       . .  .  .  .  .  .  .  .  .  1  2  .  .   7  9  1  .   6   1  4
## CD1C           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   2  5  .  .   3   3  .
## GSTP1          . .  1  .  4  1  2  .  1  5  .  .  1  1   9  4  5  7   2   5 12
## EIF3G          2 1  1  1  3  3  .  1  2  2  .  1  2  .   1  .  1  2   1   .  1
## VPS28          . .  .  .  1  1  .  1  .  .  .  2  3  .   4  3  .  1   .   1 38
## LY86           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2  .  .   2  .  3  2   3   1  2
## ZFP36L1        . 1  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .   .  .  .  1   1   . 21
## ZNF330         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   2  .  .  .   .   .  .
## ANXA2          1 1  .  2  9  3  1  .  4  2  3  2  .  6   5  1  5  1  22  10  9
## GRN            . .  .  .  2  .  1  1  2  3  .  1  1  3   6  1  .  2   5   4  8
## CFP            . .  .  .  2  1  3  .  .  1  1  .  3  2   4  .  2  .   1  39  1
## HSP90AA1       . 1  3  .  3  1  .  .  .  1  .  .  1  1   3  1  .  2  64   2  3
## FUOM           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  4  1  .   1   .  .
## LST1           . .  .  . 15 17  8 11 18 13 36 17 12 27  12  7  7  4   8  10  4
## AIF1           . .  .  .  7 12  7  6 32 33 12 19 18 29   6  7  1  3  11   7  9
## PSAP           . 1  2  1  8  8  6  2  9  9 10  8  5 10   1  2  1  6   6   4  4
## YWHAB          2 2  1  1  2  2  1  . 50  1  1  1  3  1   5  .  .  .   2   5  4
## MYO1G          . .  1  .  .  1  .  .  3  3  1 27  1  1   .  .  .  .   .   .  2
## SAT1           . .  2  1 21 25  6 10 26 26 16 15 11 22  10  5  5 16   2   3 16
## RGS2           1 .  .  .  2  3 16  .  1 11  3  5  4  6   8  1  1  .   .   .  1
## SERPINA1       . .  .  .  2  1  1  1  3  4  5  5  3  6   1  1  .  3   .   1  .
## IFITM3         . .  .  .  5  3  4  1 11  9  2  5  7 10   . 12  2  1   3   4  4
## FCGR3A         1 .  .  .  .  5  1  2 14  4 18  9  5 11   .  .  .  .   .   .  1
## LILRA3         . .  .  .  1  1  3  .  .  1  1  .  1  1   .  .  .  .   .   .  .
## S100A11        . 1  .  . 17 13  1  2  9 12 14  8  7 13   5  4  5  3  11   9  9
## FCER1G         . .  .  . 12 12  2  4 35 16 24  9  9 30   8  8  3  3  13   8  7
## TNFRSF1B       . .  .  .  .  2  1  .  3  4  1  2  1  1   .  .  .  .   .   1  .
## IFITM2         1 4  1  2  5 10  1  4 17  8 33  8 14 19   4  7  4  3   2   2  .
## WARS           . .  .  1  .  2  2  1  1  .  3  1  1  2   .  .  .  .   .   2  1
## IFI30          . .  .  .  3  3  .  1  2  1  6  1  5  6   6  .  3  1   1   3  3
## MS4A7          . .  .  .  .  5  1  .  2  4  3  1  .  2   .  .  1  .   .   .  .
## C5AR1          . .  .  .  2  4  2  1  1  3  .  1  .  .   .  .  .  1   .   .  .
## HCK            . .  .  .  1  2  .  1  .  3  1  2  3  5   .  1  .  .   1   1  .
## COTL1          . .  2  .  9 20  9  3  6  9 91 11 18 18  18  2  9 11  12  11  7
## LGALS9         . .  .  .  2  3  .  .  6  .  .  3  .  3   .  .  1  1   .   1  .
## CD68           . .  .  .  6  4  1  .  4  3  .  4  2  8   .  .  .  .   1   1  .
## RP11-290F20.3  . .  .  .  .  5  .  .  4  .  5  2  1  4   .  .  .  .   .   .  .
## RHOC           1 1  .  .  1  6  .  1  1  2  7  2  6  3   2  .  1  .   2   .  .
## CARD16         1 .  .  .  2  2  .  2  2  1  .  6  3  6   1  .  .  1   2   1  .
## LRRC25         . .  .  .  1  .  1  .  1  6  4  1  .  2   .  1  1  .   .   .  1
## COPS6          . .  1  .  . 26  .  .  2  2  1  .  .  1   .  .  .  1   1   1  1
## ADAR           . .  .  .  .  .  1  1  2 25  .  1  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PPBP           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## GPX1           1 2  .  .  5  3  .  .  1  1  .  1  1  2   6  7  2  6  24  16 28
## TPM4           . .  .  .  2  .  .  .  .  .  .  .  .  1   1  .  .  .   1   2  1
## PF4            . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  1  .   .   .  .
## SDPR           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## NRGN           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   2  .
## SPARC          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## GNG11          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CLU            . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## HIST1H2AC      . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## NCOA4          . .  .  .  .  .  1  .  .  .  1  .  .  2   1  1  .  .   1   .  .
## GP9            . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## FERMT3         . .  .  .  1  1  .  .  1  .  .  .  .  2   .  .  .  2   .   .  1
## ODC1           . .  .  .  1  .  .  .  .  .  1  .  .  .   .  .  .  .   2   .  1
## CD9            . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## RUFY1          . .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## TUBB1          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## TALDO1         . .  1  .  1  2  .  .  .  2  2  2  1  2   1  .  .  1   3   1  3
## TREML1         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## NGFRAP1        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PGRMC1         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CA2            . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## ITGA2B         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## MYL9           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## TMEM40         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PARVB          . .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PTCRA          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## ACRBP          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## TSC22D1        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## VDAC3          . .  1  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  2   1  .  .  .   .   .  .
## GZMB           6 .  2  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## GZMA           . 3  3  2  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .   .  .  .  .   .   .  .
## GNLY           4 1  3  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  1   .  .  1  .   .   .  .
## FGFBP2         9 .  3  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## AKR1C3         . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CCL4           . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PRF1           6 .  5  3  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .   .  .  1  .   .   .  .
## GZMH          10 .  9  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## XBP1           1 1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  1   .   .  2
## GZMM           3 2  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  .
## PTGDR          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## IGFBP7         . .  .  .  1  .  .  1  .  .  .  .  1  1   .  .  .  1   3   2  .
## TTC38          . .  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## KLRD1          . .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## ARHGDIA        . .  .  .  2  .  1  .  .  3  2  1  .  .   1  .  1  1   1   2  4
## IL2RB          . 1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## CLIC3          . .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## PPP1R18        . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   1   1  .
## CD247          1 .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## ALOX5AP        . 1  .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .   .  .  .  .   1   1  .
## XCL2           . .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
## C12orf75       . .  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  .  .  .   .   .  1
## RARRES3        2 .  1  1  .  .  .  .  2  .  .  .  .  .   .  1  .  .   2   1  1
## PCMT1          1 .  .  .  .  1  .  .  2  .  1  .  .  .   2  .  .  .   4   2  1
## LAMP1          1 2  .  1  .  1  .  .  .  .  .  .  .  3   .  .  .  .   .   .  1
## SPON2          3 1  3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   1  1  .  .   .   .  .
## S100B          . .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .   .  .  .  .   .   .  .
##                                                      
## MS4A1          1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD79B          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD79A          .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DRA       15 19 104  1  .  .  .  2  1  1  .  2  7
## TCL1A          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DQB1       1  2  11  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## HVCN1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DMB        1  1   5  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LTB            .  1   4  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .
## LINC00926      .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FCER2          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SP100          .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## NCF1           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## PPP3CC         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## EAF2           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PPAPDC1B       .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD19           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## KIAA0125       .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CYB561A3       .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD180          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## RP11-693J15.5  .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FAM96A         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CXCR4          .  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## STX10          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SNHG7          .  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## NT5C           .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## BANK1          .  1   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## IGLL5          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD200          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FCRLA          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD3D           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## NOSIP          1  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SAFB2          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD2            .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IL7R           1  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## PIK3IP1        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## MPHOSPH6       .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## KHDRBS1        .  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## MAL            .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CCR7           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## THYN1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TAF7           1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## LDHB           1  2   .  1  .  .  .  .  1  .  .  .  1
## TMEM123        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  1
## CCDC104        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## EPC1           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## EIF4A2         .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD3E           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  1  .
## TMUB1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## BLOC1S4        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ACSM3          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TMEM204        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SRSF7          5 13   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ACAP1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TNFAIP8        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD7            .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TAGAP          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## DNAJB1         .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ASNSD1         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## S1PR4          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CTSW           .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GZMK           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## NKG7           1  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IL32           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## DNAJC2         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LYAR           .  .   .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .
## CST7           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LCK            .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CCL5           .  .   .  8  5  4 10 11 30  8  5  9  2
## HNRNPH1        .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SSR2           .  4   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## DLGAP1-AS1     .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GIMAP1         1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## MMADHC         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ZNF76          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD8A           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PTPN22         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GYPC           .  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HNRNPF         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## RPL7L1         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## KLRG1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CRBN           .  .   .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  .
## SATB1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SIT1           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PMPCB          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## NRBP1          .  .   .  .  .  .  1  .  .  .  .  .  .
## TCF7           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HNRNPA3        1  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## S100A8        23  4   .  .  1  .  .  .  1  .  .  .  2
## S100A9        32 17   .  3  .  .  .  .  .  .  .  .  7
## LYZ           76 42 114  3  1  1  .  1  .  .  .  . 22
## CD14           1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FCN1           1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TYROBP        10  6   7  .  .  .  .  .  .  .  .  . 14
## ASGR1          .  1   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## NFKBIA         3  2   4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  6
## TYMP           4  8   4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2
## CTSS           2  .   3  1  .  .  .  .  .  .  .  .  3
## TSPO           6  4   2  .  .  .  .  .  2  .  .  .  3
## RBP7           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CTSB           1  .   .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  1
## LGALS1         5 28  13  .  .  .  .  1  .  .  .  . 10
## FPR1           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## VSTM1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## BLVRA          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## MPEG1          1  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## BID            1  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SMCO4          1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CFD            .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  3
## LINC00936      1  1   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## LGALS2         1  3   6  .  .  .  .  .  .  .  .  .  3
## MS4A6A         1  2   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## FCGRT          1  4   3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2
## LGALS3         2  2   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  1
## NUP214         1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## SCO2           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IL17RA         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IFI6           1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  4
## HLA-DPA1      10 23  37  .  .  .  .  .  .  .  .  .  5
## FCER1A         4  7   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CLEC10A        4  2   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## HLA-DMA        5  3   5  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## RGS1           .  1   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DPB1       8 10  50  1  .  .  .  .  .  .  .  .  5
## HLA-DQA1       3  4   9  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## RNF130         3  5   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DRB5       2  3  10  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## HLA-DRB1       3  9  26  .  .  .  .  .  .  .  .  .  4
## CST3          18 29 125  5  1  .  .  5  1  3  .  . 16
## IL1B           6  1   .  .  .  1  .  .  .  .  .  .  5
## POP7           .  1   3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HLA-DQA2       1  .   5  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD1C           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GSTP1          7 10  18  .  .  .  .  1  .  .  .  .  4
## EIF3G          1  3  43  .  .  .  .  .  .  .  .  .  3
## VPS28          .  .   1  .  .  1  .  .  2  .  .  .  2
## LY86           .  1   8  1  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ZFP36L1        .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ZNF330         1 32   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ANXA2          1  3   3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  4
## GRN            2  4   5  .  1  .  .  .  .  .  .  .  .
## CFP            3  5   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## HSP90AA1       1  1   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FUOM           1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LST1           2  6   6  .  .  .  .  .  .  .  .  .  7
## AIF1           4  1   4  .  .  .  .  1  .  .  .  .  5
## PSAP           2  2   7  .  .  1  1  1  .  .  .  .  1
## YWHAB          .  1   3  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## MYO1G          2  1   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## SAT1           3  4   5  3  4  2  6  3 17  3  6  4  3
## RGS2           1  1   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## SERPINA1       .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  2
## IFITM3         .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## FCGR3A         .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LILRA3         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## S100A11        4  5   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## FCER1G         5  8   3  .  .  .  1  .  .  .  1  .  4
## TNFRSF1B       .  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IFITM2         1  6   4  .  .  .  .  1  1  .  .  .  1
## WARS           .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## IFI30          .  1   4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## MS4A7          .  1   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## C5AR1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## HCK            .  1   4  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## COTL1          5  4  25  1  2  .  3  .  2  3  .  4  7
## LGALS9         1  1   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CD68           .  .   1  .  .  .  .  1  .  .  1  1  1
## RP11-290F20.3  .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## RHOC           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  1  .  .
## CARD16         1  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LRRC25         1  .   2  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## COPS6          .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## ADAR           .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PPBP           .  .   . 43 41 36 55 58 54 66 34 30  6
## GPX1           3  6   3 18  8 12 18 18 28 11 13 16  9
## TPM4           .  1   1  4  4  2  2  2 15  2  1  3  2
## PF4            .  .   . 14 11 14 18 23 62  9 14  6  .
## SDPR           .  .   1 11  3 13  8  8 29  3  6  5  2
## NRGN           .  .   .  1  5  3  3  2  7  3  1  1  2
## SPARC          .  .   .  8  3  2  2  3  9  3  3  4  2
## GNG11          .  .   .  6  5  9 10  7 23 12  6 11  1
## CLU            .  .   . 14  5  8 11 15  6  4  3  5  2
## HIST1H2AC      .  .   .  5  3  5  5  2 42  2  1  2  1
## NCOA4          .  .   .  8  2  . 12  8  7  3  2  6  .
## GP9            .  .   .  1  3  3  2  3 11  6  5  3  .
## FERMT3         .  .   1  2  5  4  4  1  6  .  4  .  1
## ODC1           .  .   .  3  .  1  2  1 14  2  .  4  1
## CD9            .  .   .  6  4  4  3  4  3  4 20  5  .
## RUFY1          .  .   .  3  3  2  3  2  9  .  .  1  .
## TUBB1          .  .   .  4  3  5  2 14 32  2  .  8  .
## TALDO1         1  1   2  2  .  1  2  1 10 37  .  2  3
## TREML1         .  .   .  3  .  2  7  4  .  1  3  5  2
## NGFRAP1        .  .   .  4  1  2  .  2  3  1  2  4  .
## PGRMC1         .  .   .  4  1  .  4  2  6  2  2  .  .
## CA2            1  .   .  3  1  4  1  3  8  . 13  2  .
## ITGA2B         .  .   .  5  1  4  2  4  1  4  1  .  .
## MYL9           .  .   .  4  .  3  4  8  1  2  .  .  1
## TMEM40         .  .   .  .  .  3  1  1  2  1  2  3  .
## PARVB          .  .   .  5  4  1  4  .  .  1  .  .  .
## PTCRA          .  .   .  2  .  4  .  . 20  2  2  1  .
## ACRBP          .  .   .  1  .  1  .  . 25  .  3  1  1
## TSC22D1        .  .   .  .  .  6  1  . 26  1  .  .  1
## VDAC3          .  .   .  . 41  .  .  2  1  .  1  1  1
## GZMB           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GZMA           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GNLY           .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## FGFBP2         .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## AKR1C3         .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CCL4           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PRF1           .  .   .  .  .  .  .  1  .  .  .  .  .
## GZMH           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## XBP1           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## GZMM           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PTGDR          .  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## IGFBP7         .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## TTC38          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## KLRD1          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ARHGDIA        1  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## IL2RB          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## CLIC3          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## PPP1R18        .  .   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  1
## CD247          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## ALOX5AP        .  1   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## XCL2           .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## C12orf75       .  .   .  .  .  .  2  .  .  .  .  .  .
## RARRES3        .  .   .  .  .  1  .  .  1  .  .  .  .
## PCMT1          .  3   1  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## LAMP1          .  .   .  .  .  .  .  .  1  .  .  .  .
## SPON2          1  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .
## S100B          .  .   .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .

Annotation polishing

We may have a column that contains the directory each run was taken from, such as the “file” column in pbmc_small_tidy.

pbmc_small_tidy$file[1:5]
## [1] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [2] "../data/sample1/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [3] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [4] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [5] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"

We may want to extract the run/sample name out of it into a separate column. Tidyverse extract can be used to convert a character column into multiple columns using regular expression groups.

# Create sample column
pbmc_small_polished <-
    pbmc_small_tidy %>%
    extract(file, "sample", "../data/([a-z0-9]+)/outs.+", remove=FALSE)

# Reorder to have sample column up front
pbmc_small_polished %>%
    select(sample, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 18
## # Features=230 | Assays=counts, logcounts
##    .cell sample orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents
##    <chr> <chr>  <fct>           <dbl>        <int> <fct>           <fct>        
##  1 ATGC… sampl… SeuratPro…         70           47 0               A            
##  2 CATG… sampl… SeuratPro…         85           52 0               A            
##  3 GAAC… sampl… SeuratPro…         87           50 1               B            
##  4 TGAC… sampl… SeuratPro…        127           56 0               A            
##  5 AGTC… sampl… SeuratPro…        173           53 0               A            
##  6 TCTG… sampl… SeuratPro…         70           48 0               A            
##  7 TGGT… sampl… SeuratPro…         64           36 0               A            
##  8 GCAG… sampl… SeuratPro…         72           45 0               A            
##  9 GATA… sampl… SeuratPro…         52           36 0               A            
## 10 AATG… sampl… SeuratPro…        100           41 0               A            
## # ℹ 70 more rows
## # ℹ 11 more variables: groups <chr>, RNA_snn_res.1 <fct>, file <chr>,
## #   ident <fct>, PC_1 <dbl>, PC_2 <dbl>, PC_3 <dbl>, PC_4 <dbl>, PC_5 <dbl>,
## #   tSNE_1 <dbl>, tSNE_2 <dbl>

Preliminary plots

Set colours and theme for plots.

# Use colourblind-friendly colours
friendly_cols <- dittoSeq::dittoColors()

# Set theme
custom_theme <-
    list(
        scale_fill_manual(values=friendly_cols),
        scale_color_manual(values=friendly_cols),
        theme_bw() +
            theme(
                panel.border=element_blank(),
                axis.line=element_line(),
                panel.grid.major=element_line(size=0.2),
                panel.grid.minor=element_line(size=0.1),
                text=element_text(size=12),
                legend.position="bottom",
                aspect.ratio=1,
                strip.background=element_blank(),
                axis.title.x=element_text(margin=margin(t=10, r=10, b=10, l=10)),
                axis.title.y=element_text(margin=margin(t=10, r=10, b=10, l=10))
            )
    )

We can treat pbmc_small_polished as a tibble for plotting.

Here we plot number of features per cell.

pbmc_small_polished %>%
    tidySingleCellExperiment::ggplot(aes(nFeature_RNA, fill=groups)) +
    geom_histogram() +
    custom_theme

plot of chunk plot1

Here we plot total features per cell.

pbmc_small_polished %>%
    tidySingleCellExperiment::ggplot(aes(groups, nCount_RNA, fill=groups)) +
    geom_boxplot(outlier.shape=NA) +
    geom_jitter(width=0.1) +
    custom_theme

plot of chunk plot2

Here we plot abundance of two features for each group.

pbmc_small_polished %>%
    join_features(features=c("HLA-DRA", "LYZ")) %>%
    ggplot(aes(groups, .abundance_counts + 1, fill=groups)) +
    geom_boxplot(outlier.shape=NA) +
    geom_jitter(aes(size=nCount_RNA), alpha=0.5, width=0.2) +
    scale_y_log10() +
    custom_theme

plot of chunk unnamed-chunk-10

Preprocess the dataset

We can also treat pbmc_small_polished as a SingleCellExperiment object and proceed with data processing with Bioconductor packages, such as scran [@lun2016pooling] and scater [@mccarthy2017scater].

# Identify variable genes with scran
variable_genes <-
    pbmc_small_polished %>%
    modelGeneVar() %>%
    getTopHVGs(prop=0.1)

# Perform PCA with scater
pbmc_small_pca <-
    pbmc_small_polished %>%
    runPCA(subset_row=variable_genes)

pbmc_small_pca
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 18
## # Features=230 | Assays=counts, logcounts
##    .cell orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents groups
##    <chr> <fct>           <dbl>        <int> <fct>           <fct>         <chr> 
##  1 ATGC… SeuratPro…         70           47 0               A             g2    
##  2 CATG… SeuratPro…         85           52 0               A             g1    
##  3 GAAC… SeuratPro…         87           50 1               B             g2    
##  4 TGAC… SeuratPro…        127           56 0               A             g2    
##  5 AGTC… SeuratPro…        173           53 0               A             g2    
##  6 TCTG… SeuratPro…         70           48 0               A             g1    
##  7 TGGT… SeuratPro…         64           36 0               A             g1    
##  8 GCAG… SeuratPro…         72           45 0               A             g1    
##  9 GATA… SeuratPro…         52           36 0               A             g1    
## 10 AATG… SeuratPro…        100           41 0               A             g1    
## # ℹ 70 more rows
## # ℹ 11 more variables: RNA_snn_res.1 <fct>, file <chr>, sample <chr>,
## #   ident <fct>, PC1 <dbl>, PC2 <dbl>, PC3 <dbl>, PC4 <dbl>, PC5 <dbl>,
## #   tSNE_1 <dbl>, tSNE_2 <dbl>

If a tidyverse-compatible package is not included in the tidySingleCellExperiment collection, we can use as_tibble to permanently convert tidySingleCellExperiment into a tibble.

# Create pairs plot with GGally
pbmc_small_pca %>%
    as_tibble() %>%
    select(contains("PC"), everything()) %>%
    GGally::ggpairs(columns=1:5, ggplot2::aes(colour=groups)) +
    custom_theme

plot of chunk pc_plot

Identify clusters

We can proceed with cluster identification with scran.

pbmc_small_cluster <- pbmc_small_pca

# Assign clusters to the 'colLabels' of the SingleCellExperiment object
colLabels(pbmc_small_cluster) <-
    pbmc_small_pca %>%
    buildSNNGraph(use.dimred="PCA") %>%
    igraph::cluster_walktrap() %$%
    membership %>%
    as.factor()

# Reorder columns
pbmc_small_cluster %>% select(label, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 19
## # Features=230 | Assays=counts, logcounts
##    .cell  label orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents
##    <chr>  <fct> <fct>           <dbl>        <int> <fct>           <fct>        
##  1 ATGCC… 2     SeuratPro…         70           47 0               A            
##  2 CATGG… 2     SeuratPro…         85           52 0               A            
##  3 GAACC… 2     SeuratPro…         87           50 1               B            
##  4 TGACT… 1     SeuratPro…        127           56 0               A            
##  5 AGTCA… 2     SeuratPro…        173           53 0               A            
##  6 TCTGA… 2     SeuratPro…         70           48 0               A            
##  7 TGGTA… 1     SeuratPro…         64           36 0               A            
##  8 GCAGC… 2     SeuratPro…         72           45 0               A            
##  9 GATAT… 2     SeuratPro…         52           36 0               A            
## 10 AATGT… 2     SeuratPro…        100           41 0               A            
## # ℹ 70 more rows
## # ℹ 12 more variables: groups <chr>, RNA_snn_res.1 <fct>, file <chr>,
## #   sample <chr>, ident <fct>, PC1 <dbl>, PC2 <dbl>, PC3 <dbl>, PC4 <dbl>,
## #   PC5 <dbl>, tSNE_1 <dbl>, tSNE_2 <dbl>

And interrogate the output as if it was a regular tibble.

# Count number of cells for each cluster per group
pbmc_small_cluster %>%
    tidySingleCellExperiment::count(groups, label)
## # A tibble: 8 × 3
##   groups label     n
##   <chr>  <fct> <int>
## 1 g1     1        12
## 2 g1     2        14
## 3 g1     3        14
## 4 g1     4         4
## 5 g2     1        10
## 6 g2     2        11
## 7 g2     3        10
## 8 g2     4         5

We can identify and visualise cluster markers combining SingleCellExperiment, tidyverse functions and tidyHeatmap [@mangiola2020tidyheatmap]

# Identify top 10 markers per cluster
marker_genes <-
    pbmc_small_cluster %>%
    findMarkers(groups=pbmc_small_cluster$label) %>%
    as.list() %>%
    map(~ .x %>%
        head(10) %>%
        rownames()) %>%
    unlist()

# Plot heatmap
pbmc_small_cluster %>%
    join_features(features=marker_genes) %>%
    group_by(label) %>%
    heatmap(.feature, .cell, .abundance_counts, .scale="column")

plot of chunk unnamed-chunk-11

Reduce dimensions

We can calculate the first 3 UMAP dimensions using the SingleCellExperiment framework and scater.

pbmc_small_UMAP <-
    pbmc_small_cluster %>%
    runUMAP(ncomponents=3)

And we can plot the result in 3D using plotly.

pbmc_small_UMAP %>%
    plot_ly(
        x=~`UMAP1`,
        y=~`UMAP2`,
        z=~`UMAP3`,
        color=~label,
        colors=friendly_cols[1:4]
    )

plotly screenshot

Cell type prediction

We can infer cell type identities using SingleR [@aran2019reference] and manipulate the output using tidyverse.

# Get cell type reference data
blueprint <- celldex::BlueprintEncodeData()

# Infer cell identities
cell_type_df <-

    assays(pbmc_small_UMAP)$logcounts %>%
    Matrix::Matrix(sparse = TRUE) %>%
    SingleR::SingleR(
        ref = blueprint,
        labels = blueprint$label.main,
        method = "single"
    ) %>%
    as.data.frame() %>%
    as_tibble(rownames="cell") %>%
    select(cell, first.labels)
# Join UMAP and cell type info
pbmc_small_cell_type <-
    pbmc_small_UMAP %>%
    left_join(cell_type_df, by="cell")

# Reorder columns
pbmc_small_cell_type %>%
    tidySingleCellExperiment::select(cell, first.labels, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 23
## # Features=230 | Assays=counts, logcounts
##    cell          first.labels orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
##    <chr>         <chr>        <fct>           <dbl>        <int> <fct>          
##  1 ATGCCAGAACGA… CD4+ T-cells SeuratPro…         70           47 0              
##  2 CATGGCCTGTGC… CD8+ T-cells SeuratPro…         85           52 0              
##  3 GAACCTGATGAA… CD8+ T-cells SeuratPro…         87           50 1              
##  4 TGACTGGATTCT… CD4+ T-cells SeuratPro…        127           56 0              
##  5 AGTCAGACTGCA… CD4+ T-cells SeuratPro…        173           53 0              
##  6 TCTGATACACGT… CD4+ T-cells SeuratPro…         70           48 0              
##  7 TGGTATCTAAAC… CD4+ T-cells SeuratPro…         64           36 0              
##  8 GCAGCTCTGTTT… CD4+ T-cells SeuratPro…         72           45 0              
##  9 GATATAACACGC… CD4+ T-cells SeuratPro…         52           36 0              
## 10 AATGTTGACAGT… CD4+ T-cells SeuratPro…        100           41 0              
## # ℹ 70 more rows
## # ℹ 17 more variables: letter.idents <fct>, groups <chr>, RNA_snn_res.1 <fct>,
## #   file <chr>, sample <chr>, ident <fct>, label <fct>, PC1 <dbl>, PC2 <dbl>,
## #   PC3 <dbl>, PC4 <dbl>, PC5 <dbl>, tSNE_1 <dbl>, tSNE_2 <dbl>, UMAP1 <dbl>,
## #   UMAP2 <dbl>, UMAP3 <dbl>

We can easily summarise the results. For example, we can see how cell type classification overlaps with cluster classification.

# Count number of cells for each cell type per cluster
pbmc_small_cell_type %>%
    count(label, first.labels)
## # A tibble: 11 × 3
##    label first.labels     n
##    <fct> <chr>        <int>
##  1 1     CD4+ T-cells     2
##  2 1     CD8+ T-cells     8
##  3 1     NK cells        12
##  4 2     B-cells         10
##  5 2     CD4+ T-cells     6
##  6 2     CD8+ T-cells     2
##  7 2     Macrophages      1
##  8 2     Monocytes        6
##  9 3     Macrophages      1
## 10 3     Monocytes       23
## 11 4     Erythrocytes     9

We can easily reshape the data for building information-rich faceted plots.

pbmc_small_cell_type %>%

    # Reshape and add classifier column
    pivot_longer(
        cols=c(label, first.labels),
        names_to="classifier", values_to="label"
    ) %>%

    # UMAP plots for cell type and cluster
    ggplot(aes(UMAP1, UMAP2, color=label)) +
    geom_point() +
    facet_wrap(~classifier) +
    custom_theme

plot of chunk unnamed-chunk-15

We can easily plot gene correlation per cell category, adding multi-layer annotations.

pbmc_small_cell_type %>%

    # Add some mitochondrial abundance values
    mutate(mitochondrial=rnorm(dplyr::n())) %>%

    # Plot correlation
    join_features(features=c("CST3", "LYZ"), shape="wide") %>%
    ggplot(aes(CST3 + 1, LYZ + 1, color=groups, size=mitochondrial)) +
    geom_point() +
    facet_wrap(~first.labels, scales="free") +
    scale_x_log10() +
    scale_y_log10() +
    custom_theme

plot of chunk unnamed-chunk-16

Nested analyses

A powerful tool we can use with tidySingleCellExperiment is tidyverse nest. We can easily perform independent analyses on subsets of the dataset. First we classify cell types into lymphoid and myeloid, and then nest based on the new classification.

pbmc_small_nested <-
    pbmc_small_cell_type %>%
    filter(first.labels != "Erythrocytes") %>%
    mutate(cell_class=dplyr::if_else(`first.labels` %in% c("Macrophages", "Monocytes"), "myeloid", "lymphoid")) %>%
    nest(data=-cell_class)

pbmc_small_nested
## # A tibble: 2 × 2
##   cell_class data           
##   <chr>      <list>         
## 1 lymphoid   <SnglCllE[,40]>
## 2 myeloid    <SnglCllE[,31]>

Now we can independently for the lymphoid and myeloid subsets (i) find variable features, (ii) reduce dimensions, and (iii) cluster using both tidyverse and SingleCellExperiment seamlessly.

pbmc_small_nested_reanalysed <-
    pbmc_small_nested %>%
    mutate(data=map(
        data, ~ {
            .x <- runPCA(.x, subset_row=variable_genes)

            variable_genes <-
                .x %>%
                modelGeneVar() %>%
                getTopHVGs(prop=0.3)

            colLabels(.x) <-
                .x %>%
                buildSNNGraph(use.dimred="PCA") %>%
                igraph::cluster_walktrap() %$%
                membership %>%
                as.factor()

            .x %>% runUMAP(ncomponents=3)
        }
    ))

pbmc_small_nested_reanalysed
## # A tibble: 2 × 2
##   cell_class data           
##   <chr>      <list>         
## 1 lymphoid   <SnglCllE[,40]>
## 2 myeloid    <SnglCllE[,31]>

We can then unnest and plot the new classification.

pbmc_small_nested_reanalysed %>%

    # Convert to tibble otherwise SingleCellExperiment drops reduced dimensions when unifying data sets.
    mutate(data=map(data, ~ .x %>% as_tibble())) %>%
    unnest(data) %>%

    # Define unique clusters
    unite("cluster", c(cell_class, label), remove=FALSE) %>%

    # Plotting
    ggplot(aes(UMAP1, UMAP2, color=cluster)) +
    geom_point() +
    facet_wrap(~cell_class) +
    custom_theme

plot of chunk unnamed-chunk-19

We can perform a large number of functional analyses on data subsets. For example, we can identify intra-sample cell-cell interactions using SingleCellSignalR [@cabello2020singlecellsignalr], and then compare whether interactions are stronger or weaker across conditions. The code below demonstrates how this analysis could be performed. It won’t work with this small example dataset as we have just two samples (one for each condition). But some example output is shown below and you can imagine how you can use tidyverse on the output to perform t-tests and visualisation.

pbmc_small_nested_interactions <-
    pbmc_small_nested_reanalysed %>%

    # Unnest based on cell category
    unnest(data) %>%

    # Create unambiguous clusters
    mutate(integrated_clusters=first.labels %>% as.factor() %>% as.integer()) %>%

    # Nest based on sample
    tidySingleCellExperiment::nest(data=-sample) %>%
    tidySingleCellExperiment::mutate(interactions=map(data, ~ {

        # Produce variables. Yuck!
        cluster <- colData(.x)$integrated_clusters
        data <- data.frame(assays(.x) %>% as.list() %>% .[[1]] %>% as.matrix())

        # Ligand/Receptor analysis using SingleCellSignalR
        data %>%
            cell_signaling(genes=rownames(data), cluster=cluster) %>%
            inter_network(data=data, signal=., genes=rownames(data), cluster=cluster) %$%
            `individual-networks` %>%
            map_dfr(~ bind_rows(as_tibble(.x)))
    }))

pbmc_small_nested_interactions %>%
    select(-data) %>%
    unnest(interactions)

If the dataset was not so small, and interactions could be identified, you would see something like below.

tidySingleCellExperiment::pbmc_small_nested_interactions
## # A tibble: 100 × 9
##    sample  ligand          receptor ligand.name receptor.name origin destination
##    <chr>   <chr>           <chr>    <chr>       <chr>         <chr>  <chr>      
##  1 sample1 cluster 1.PTMA  cluster… PTMA        VIPR1         clust… cluster 2  
##  2 sample1 cluster 1.B2M   cluster… B2M         KLRD1         clust… cluster 2  
##  3 sample1 cluster 1.IL16  cluster… IL16        CD4           clust… cluster 2  
##  4 sample1 cluster 1.HLA-B cluster… HLA-B       KLRD1         clust… cluster 2  
##  5 sample1 cluster 1.CALM1 cluster… CALM1       VIPR1         clust… cluster 2  
##  6 sample1 cluster 1.HLA-E cluster… HLA-E       KLRD1         clust… cluster 2  
##  7 sample1 cluster 1.GNAS  cluster… GNAS        VIPR1         clust… cluster 2  
##  8 sample1 cluster 1.B2M   cluster… B2M         HFE           clust… cluster 2  
##  9 sample1 cluster 1.PTMA  cluster… PTMA        VIPR1         clust… cluster 3  
## 10 sample1 cluster 1.CALM1 cluster… CALM1       VIPR1         clust… cluster 3  
## # ℹ 90 more rows
## # ℹ 2 more variables: interaction.type <chr>, LRscore <dbl>

Session Info

sessionInfo()
## R version 4.2.3 (2023-03-15)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 20.04.6 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRblas.so
## LAPACK: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRlapack.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_GB              LC_COLLATE=C              
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
## [8] base     
## 
## other attached packages:
##  [1] tidySingleCellExperiment_1.8.2 ttservice_0.2.2               
##  [3] tidyHeatmap_1.8.1              purrr_1.0.1                   
##  [5] SingleCellSignalR_1.10.0       SingleR_2.0.0                 
##  [7] scran_1.26.2                   scater_1.26.1                 
##  [9] ggplot2_3.4.2                  scuttle_1.8.4                 
## [11] SingleCellExperiment_1.20.1    SummarizedExperiment_1.28.0   
## [13] Biobase_2.58.0                 GenomicRanges_1.50.2          
## [15] GenomeInfoDb_1.34.9            IRanges_2.32.0                
## [17] S4Vectors_0.36.2               BiocGenerics_0.44.0           
## [19] MatrixGenerics_1.10.0          matrixStats_0.63.0            
## [21] knitr_1.42                    
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##   [1] circlize_0.4.15           plyr_1.8.8               
##   [3] igraph_1.4.1              lazyeval_0.2.2           
##   [5] splines_4.2.3             BiocParallel_1.32.6      
##   [7] digest_0.6.31             foreach_1.5.2            
##   [9] htmltools_0.5.5           magick_2.7.4             
##  [11] viridis_0.6.2             fansi_1.0.4              
##  [13] magrittr_2.0.3            ScaledMatrix_1.6.0       
##  [15] cluster_2.1.4             doParallel_1.0.17        
##  [17] limma_3.54.2              ComplexHeatmap_2.14.0    
##  [19] colorspace_2.1-0          ggrepel_0.9.3            
##  [21] xfun_0.38                 dplyr_1.1.1              
##  [23] crayon_1.5.2              RCurl_1.98-1.12          
##  [25] jsonlite_1.8.4            survival_3.5-5           
##  [27] iterators_1.0.14          glue_1.6.2               
##  [29] gtable_0.3.3              zlibbioc_1.44.0          
##  [31] XVector_0.38.0            SIMLR_1.24.3             
##  [33] GetoptLong_1.0.5          DelayedArray_0.24.0      
##  [35] BiocSingular_1.14.0       shape_1.4.6              
##  [37] scales_1.2.1              pheatmap_1.0.12          
##  [39] GGally_2.1.2              edgeR_3.40.2             
##  [41] Rcpp_1.0.10               viridisLite_0.4.1        
##  [43] clue_0.3-64               dqrng_0.3.0              
##  [45] rsvd_1.0.5                dittoSeq_1.10.0          
##  [47] metapod_1.6.0             htmlwidgets_1.6.2        
##  [49] httr_1.4.5                FNN_1.1.3.2              
##  [51] gplots_3.1.3              RColorBrewer_1.1-3       
##  [53] ellipsis_0.3.2            reshape_0.8.9            
##  [55] pkgconfig_2.0.3           farver_2.1.1             
##  [57] uwot_0.1.14               locfit_1.5-9.7           
##  [59] utf8_1.2.3                tidyselect_1.2.0         
##  [61] labeling_0.4.2            rlang_1.1.0              
##  [63] munsell_0.5.0             tools_4.2.3              
##  [65] cli_3.6.1                 generics_0.1.3           
##  [67] ggridges_0.5.4            evaluate_0.20            
##  [69] stringr_1.5.0             fastmap_1.1.1            
##  [71] caTools_1.18.2            dendextend_1.17.1        
##  [73] sparseMatrixStats_1.10.0  pracma_2.4.2             
##  [75] compiler_4.2.3            beeswarm_0.4.0           
##  [77] plotly_4.10.1             png_0.1-8                
##  [79] tibble_3.2.1              statmod_1.5.0            
##  [81] stringi_1.7.12            highr_0.10               
##  [83] RSpectra_0.16-1           lattice_0.21-8           
##  [85] bluster_1.8.0             Matrix_1.5-4             
##  [87] multtest_2.54.0           vctrs_0.6.1              
##  [89] pillar_1.9.0              lifecycle_1.0.3          
##  [91] BiocManager_1.30.20       GlobalOptions_0.1.2      
##  [93] RcppAnnoy_0.0.20          BiocNeighbors_1.16.0     
##  [95] data.table_1.14.8         cowplot_1.1.1            
##  [97] bitops_1.0-7              irlba_2.3.5.1            
##  [99] patchwork_1.1.2           R6_2.5.1                 
## [101] KernSmooth_2.23-20        gridExtra_2.3            
## [103] vipor_0.4.5               codetools_0.2-19         
## [105] MASS_7.3-58.3             gtools_3.9.4             
## [107] rjson_0.2.21              withr_2.5.0              
## [109] GenomeInfoDbData_1.2.9    parallel_4.2.3           
## [111] grid_4.2.3                beachmat_2.14.1          
## [113] tidyr_1.3.0               DelayedMatrixStats_1.20.0
## [115] Cairo_1.6-0               Rtsne_0.16               
## [117] ggbeeswarm_0.7.1

References