### R code from vignette source 'seqTools.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: seqTools.Rnw:40-41 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: seqTools.Rnw:99-101 ################################################### library(seqTools) head(phredTable()) ################################################### ### code chunk number 3: computation ################################################### basedir <- system.file("extdata", package="seqTools") filenames <- file.path(basedir, c("g4_l101_n100.fq.gz", "g5_l101_n100.fq.gz")) fq <- fastqq(filenames, k=6, probeLabel=c("g4", "g5")) ################################################### ### code chunk number 4: seqTools.Rnw:173-175 (eval = FALSE) ################################################### ## filenames <- dir(path="fastqDir", pattern="*.fastq.gz") ## fq <- fastqq(file.path("fastqDir", filenames), k=6) ################################################### ### code chunk number 5: seqTools.Rnw:182-183 ################################################### fq ################################################### ### code chunk number 6: seqTools.Rnw:262-264 ################################################### fqm <- meltDownK(fq, newK=2) kmerCount(fqm)[, 1] ################################################### ### code chunk number 7: computation ################################################### files1 <- file.path(basedir, c("sfq1_ctrl.fq.gz", "sfq2_ctrl.fq.gz")) files2 <- file.path(basedir, c("sfq1_cont.fq.gz", "sfq2_cont.fq.gz")) fq1 <- fastqq(files1, k=3, probeLabel=c("ctrl1","ctrl2")) fq2 <- fastqq(files2 , k=3, probeLabel=c("cont1", "cont2")) ################################################### ### code chunk number 8: seqTools.Rnw:288-292 ################################################### op <- par(mfrow = c(1, 2)) plotKmerCount(fq1, 2, mxey=9, main="Control") plotKmerCount(fq2, 2, mxey=9, main="Contamination") par(op) ################################################### ### code chunk number 9: seqTools.Rnw:296-298 ################################################### mrg <- mergeFastqq(fq1, fq2) mrg ################################################### ### code chunk number 10: seqTools.Rnw:319-320 ################################################### plotNucFreq(fq,1) ################################################### ### code chunk number 11: seqTools.Rnw:329-330 ################################################### plotNucCount(fq) ################################################### ### code chunk number 12: seqTools.Rnw:335-336 ################################################### plotNucCount(fq, c(2, 3)) ################################################### ### code chunk number 13: seqTools.Rnw:345-346 ################################################### plotGCcontent(fq) ################################################### ### code chunk number 14: seqTools.Rnw:354-355 ################################################### plotPhredQuant(fq, 1, "Phred quantiles for 1st file") ################################################### ### code chunk number 15: seqTools.Rnw:362-363 ################################################### plotMergedPhredQuant(fq, main = "Phred quantiles for all files") ################################################### ### code chunk number 16: seqTools.Rnw:377-380 ################################################### phred<-phredDist(fq, 1) phred<-phredDist(fq) head(phred) ################################################### ### code chunk number 17: seqTools.Rnw:394-395 ################################################### plotPhredDist(fq) ################################################### ### code chunk number 18: seqTools.Rnw:408-409 ################################################### kMerIndex(c("CCC", "GGG")) ################################################### ### code chunk number 19: seqTools.Rnw:417-418 ################################################### plotKmerCount(fq, 1) ################################################### ### code chunk number 20: seqTools.Rnw:441-443 ################################################### mtx <- cbDistMatrix(mrg) mtx ################################################### ### code chunk number 21: seqTools.Rnw:450-455 ################################################### hc <- hclust(as.dist(mtx)) hcd <- as.dendrogram(hc, lty=2, lwd=2) op <- par(mar = c(3, 1, 1, 5)) plot(hcd, horiz=TRUE, las=1, edgePar=list(lwd=2, lty=2, col="blue")) par(op) ################################################### ### code chunk number 22: seqTools.Rnw:465-467 ################################################### char2ascii("a") ascii2char(97:99) ################################################### ### code chunk number 23: seqTools.Rnw:471-473 (eval = FALSE) ################################################### ## phredTable() ## phredTable(20:30)