### R code from vignette source 'farms.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: farms.Rnw:44-49 ################################################### options(width=75) set.seed(0) library(farms) library(utils) farmsVer<-packageDescription("farms")$Version ################################################### ### code chunk number 2: farms.Rnw:121-123 ################################################### library(farms) library(affydata) ################################################### ### code chunk number 3: farms.Rnw:198-204 ################################################### data(Dilution) eset<-qFarms(Dilution) INIs <- INIcalls(eset) # apply I/NI calls summary(INIs) I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only informative probe sets I_data ################################################### ### code chunk number 4: farms.Rnw:209-210 ################################################### plot(INIs) # draws a density plot of I/NI-calls ################################################### ### code chunk number 5: farms.Rnw:220-225 ################################################### eset<-qFarms(Dilution, laplacian=TRUE) INIs <- INIcalls(eset) # apply I/NI calls summary(INIs) I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only informative probe sets I_data ################################################### ### code chunk number 6: farms.Rnw:230-231 ################################################### plot(INIs) # draws a density plot of I/NI-calls