### R code from vignette source 'genotyping.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=60) options(continue=" ") options(prompt="R> ") ################################################### ### code chunk number 2: crlmm ################################################### require(oligoClasses) library(crlmm) library(hapmapsnp6) path <- system.file("celFiles", package="hapmapsnp6") celFiles <- list.celfiles(path, full.names=TRUE) system.time(crlmmResult <- crlmm(celFiles, verbose=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 3: out ################################################### calls(crlmmResult)[1:10,] confs(crlmmResult)[1:10,] crlmmResult[["SNR"]] ################################################### ### code chunk number 4: genotyping.Rnw:81-82 ################################################### sessionInfo()