### R code from vignette source 'MBttest.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: options ################################################### options(width=72) options(showHeadLines=3) options(showTailLines=3) ################################################### ### code chunk number 3: MBttest.Rnw:57-59 ################################################### set.seed(102) options(width = 90) ################################################### ### code chunk number 4: MBttest.Rnw:62-63 ################################################### library(MBttest) ################################################### ### code chunk number 5: MBttest.Rnw:68-70 ################################################### data(jkttcell) jkttcell[1:10,] ################################################### ### code chunk number 6: MBttest.Rnw:75-76 ################################################### head(jkttcell) ################################################### ### code chunk number 7: MBttest.Rnw:99-100 ################################################### sjknull1<-simulat(yy=jkttcell[1:500,], nci=7,r1=3,r2=3,p=0, q=0.2) ################################################### ### code chunk number 8: MBttest.Rnw:115-116 ################################################### mysim1<-smbetattest(X=sjknull1,na=3,nb=3,alpha=0.05) ################################################### ### code chunk number 9: MBttest.Rnw:172-173 ################################################### res<-mbetattest(X=jkttcell[1:1000,],na=3,nb=3,W=1,alpha=0.05,file="jurkat_NS_48h_tag_mbetattest.csv") ################################################### ### code chunk number 10: MBttest.Rnw:177-179 ################################################### data(dat) head(dat) ################################################### ### code chunk number 11: MAplot ################################################### maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=350,matitle="MA plot") ################################################### ### code chunk number 12: figMAplot ################################################### maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=350,matitle="MA plot") ################################################### ### code chunk number 13: MAplot50 ################################################### maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=50,matitle="MA plot") ################################################### ### code chunk number 14: figMAplot50 ################################################### maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=50,matitle="MA plot") ################################################### ### code chunk number 15: heatmapwithtree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,maptitle="Jurkat T-cell heatmap2") ################################################### ### code chunk number 16: figheatmapwithtree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,maptitle="Jurkat T-cell heatmap2") ################################################### ### code chunk number 17: heatmapwithouttree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,tree="none",maptitle="Jurkat T-cell heatmap3") ################################################### ### code chunk number 18: figheatmapwithouttree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,tree="none",maptitle="Jurkat T-cell heatmap3") ################################################### ### code chunk number 19: heatmapwithcoltree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,colrs="redblue", tree="column", method="pearson", maptitle="Jurkat T-cell heatmap") ################################################### ### code chunk number 20: figheatmapwithcoltree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,colrs="redblue", tree="column", method="pearson", maptitle="Jurkat T-cell heatmap") ################################################### ### code chunk number 21: MBttest.Rnw:261-262 ################################################### sessionInfo()