### R code from vignette source 'GUIDEseq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: GUIDEseq.Rnw:21-25 ################################################### library(knitr) opts_chunk$set( concordance=TRUE ) ################################################### ### code chunk number 3: GUIDEseq.Rnw:102-109 ################################################### library(GUIDEseq) umifile <- system.file("extdata", "UMI-HEK293_site4_chr13.txt", package = "GUIDEseq") bedfile <- system.file("extdata","bowtie2.HEK293_site4_chr13.sort.bed", package = "GUIDEseq") bamfile <- system.file("extdata","bowtie2.HEK293_site4_chr13.sort.bam", package = "GUIDEseq") ################################################### ### code chunk number 4: GUIDEseq.Rnw:148-151 ################################################### uniqueCleavageEvents <- getUniqueCleavageEvents(bamfile, umifile, n.cores.max =1) #uniqueCleavageEventsOld <- getUniqueCleavageEvents(bedfile, umifile) uniqueCleavageEvents$cleavage.gr ################################################### ### code chunk number 5: GUIDEseq.Rnw:165-168 ################################################### peaks <- getPeaks(uniqueCleavageEvents$cleavage.gr, min.reads = 80) peaks.gr <- peaks$peaks peaks.gr ################################################### ### code chunk number 6: GUIDEseq.Rnw:183-187 ################################################### mergedPeaks <- mergePlusMinusPeaks(peaks.gr = peaks.gr, output.bedfile = "mergedPeaks.bed") mergedPeaks$mergedPeaks.gr head(mergedPeaks$mergedPeaks.bed) ################################################### ### code chunk number 7: GUIDEseq.Rnw:201-216 ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) peaks <- system.file("extdata", "T2plus100OffTargets.bed", package = "CRISPRseek") gRNAs <- system.file("extdata", "T2.fa", package = "CRISPRseek") outputDir <- getwd() offTargets <- offTargetAnalysisOfPeakRegions(gRNA = gRNAs, peaks = peaks, format=c("fasta", "bed"), peaks.withHeader = TRUE, BSgenomeName = Hsapiens, upstream = 50, downstream =50, PAM.size = 3, gRNA.size = 20, PAM = "NGG", PAM.pattern = "(NAG|NGG|NGA)$", max.mismatch = 2, outputDir = outputDir, orderOfftargetsBy = "predicted_cleavage_score", allowed.mismatch.PAM = 2, overwrite = TRUE ) ################################################### ### code chunk number 8: GUIDEseq.Rnw:231-239 ################################################### gRNA.file <- system.file("extdata","gRNA.fa", package = "GUIDEseq") system.time(guideSeqRes <- GUIDEseqAnalysis( alignment.inputfile = bamfile, umi.inputfile = umifile, gRNA.file = gRNA.file, orderOfftargetsBy = "peak_score", descending = TRUE, n.cores.max = 1, BSgenomeName = Hsapiens, min.reads = 1)) names(guideSeqRes) ################################################### ### code chunk number 9: GUIDEseq.Rnw:274-275 ################################################### sessionInfo()