### R code from vignette source 'BadRegionFinder.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BadRegionFinder.Rnw:21-22 ################################################### options(width=100) ################################################### ### code chunk number 2: 3installing (eval = FALSE) ################################################### ## BiocManager::install("BadRegionFinder") ################################################### ### code chunk number 3: 4loading ################################################### library(BadRegionFinder) ################################################### ### code chunk number 4: 5 ################################################### sample_file <- system.file("extdata", "SampleNames2.txt", package = "BadRegionFinder") samples <- read.table(sample_file) samples ################################################### ### code chunk number 5: 6 ################################################### target_regions <- system.file("extdata", "targetRegions2.bed", package = "BadRegionFinder") targetRegions <- read.table(target_regions, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) targetRegions ################################################### ### code chunk number 6: 7 ################################################### bam_input <- system.file("extdata", package = "BadRegionFinder") coverage_summary <- determineCoverage(samples, bam_input, targetRegions, "", TRonly = FALSE) coverage_summary[[2]] ################################################### ### code chunk number 7: 7 ################################################### threshold1 <- 20 threshold2 <- 100 percentage1 <- 0.80 percentage2 <- 0.90 coverage_indicators <- determineCoverageQuality(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_summary) coverage_indicators[[2]] ################################################### ### code chunk number 8: 8 ################################################### regionsOfInterest<-data.frame(chr = c(2,2,17), start = c(198266420,198267200,74732940), end = c(198267032,198267800,74733301)) regionsOfInterest ################################################### ### code chunk number 9: 9 ################################################### coverage_indicators_2 <- determineRegionsOfInterest(regionsOfInterest, coverage_indicators) coverage_indicators_2[[2]] ################################################### ### code chunk number 10: 10 ################################################### library(biomaRt) mart = useMart(biomart="ENSEMBL_MART_ENSEMBL",host="grch37.ensembl.org", path="/biomart/martservice",dataset="hsapiens_gene_ensembl") mart ################################################### ### code chunk number 11: 11 ################################################### badCoverageSummary <- reportBadRegionsSummary(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_2, mart, "") badCoverageSummary ################################################### ### code chunk number 12: 12 ################################################### coverage_indicators_temp <- reportBadRegionsDetailed(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_2, "", samples, "") coverage_indicators_temp[[2]] ################################################### ### code chunk number 13: 13 ################################################### badCoverageOverview <- reportBadRegionsGenes(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageSummary, "") badCoverageOverview ################################################### ### code chunk number 14: 13 ################################################### plotSummary(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageSummary, "") ################################################### ### code chunk number 15: 14 ################################################### plotDetailed(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_temp, "") ################################################### ### code chunk number 16: 15 ################################################### plotSummaryGenes(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageOverview, "") ################################################### ### code chunk number 17: 16 ################################################### quantiles <- c(0.5) coverage_summary2 <- determineQuantiles(coverage_summary, quantiles, "") coverage_summary2[[2]]