### R code from vignette source 'BEAT.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: showInput ################################################### library(BEAT) localpath <- system.file('extdata', package = 'BEAT') positions <- read.csv(file.path(localpath, "sample.positions.csv")) head(positions) ################################################### ### code chunk number 2: setFilepath ################################################### sampNames <- c('reference','sample') sampNames is.reference <- c(TRUE, FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: setSampleData ################################################### pplus <- c(0.2, 0.5) convrates <- 1 - pplus ################################################### ### code chunk number 4: setConfig ################################################### params <- makeParams(localpath, sampNames, convrates, is.reference, pminus = 0.2, regionSize = 10000, minCounts = 5) params ################################################### ### code chunk number 5: doConvert ################################################### positions_to_regions(params) ################################################### ### code chunk number 6: doModel ################################################### generate_results(params) ################################################### ### code chunk number 7: doEpimutations ################################################### epiCalls <- epimutation_calls(params) head(epiCalls$methSites$singlecell,3) head(epiCalls$demethSites$singlecell,3)