### R code from vignette source 'GSBenchMark.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start ################################################### options(width=85) options(continue=" ") #rm(list=ls()) ################################################### ### code chunk number 2: GSBenchMark.Rnw:113-114 ################################################### require(GSBenchMark) ################################################### ### code chunk number 3: GSBenchMark.Rnw:120-126 ################################################### data(diracpathways) class(diracpathways) names(diracpathways)[1:5] class(diracpathways[[1]]) diracpathways[[1]] pathways = diracpathways; ################################################### ### code chunk number 4: GSBenchMark.Rnw:136-138 ################################################### data(GSBenchMarkDatasets) print(GSBenchMark.Dataset.names) ################################################### ### code chunk number 5: GSBenchMark.Rnw:143-151 ################################################### for(i in 1: length(GSBenchMark.Dataset.names)) { DataSetStudy = GSBenchMark.Dataset.names[[i]] data(list=DataSetStudy) cat("Data Set",DataSetStudy,"\n") print(phenotypesLevels) print(table(phenotypes)) } ################################################### ### code chunk number 6: GSBenchMark.Rnw:168-170 ################################################### genenames = rownames(exprsdata); genenames[1:10] ################################################### ### code chunk number 7: GSBenchMark.Rnw:175-186 ################################################### prunedpathways = lapply(pathways, function(x) intersect(x, genenames)) emptypathways = which(sapply(prunedpathways, length) < 2) if (length(emptypathways) > 0) { warning(paste("After pruning the pathways, there exist pathways with zero or one gene!\n Small pathways were deleted. Deleted pathways:", paste(names(emptypathways), collapse = ","), "\n")) diracpathwayPruned= prunedpathways[-emptypathways] }else { diracpathwayPruned = prunedpathways } cat("Number of pathways before pruning ",length(pathways),"\n") cat("Number of pathways after pruning ",length(diracpathwayPruned)) ################################################### ### code chunk number 8: GSBenchMark.Rnw:190-192 ################################################### summary(phenotypes) phenotypesLevels ################################################### ### code chunk number 9: sessioInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())