### R code from vignette source 'erccdashboard.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: erccdashboard.Rnw:15-19 ################################################### options(width=60, continue = " ") #options(SweaveHooks=list(fig=function() # par(mar=c(5.1,4.1,1.1,2.1)))) library( "erccdashboard" ) ################################################### ### code chunk number 2: loadExampleData ################################################### data(SEQC.Example) ################################################### ### code chunk number 3: defineInputData ################################################### datType = "count" # "count" for RNA-Seq data, "array" for microarray data isNorm = FALSE # flag to indicate if input expression measures are already # normalized, default is FALSE exTable = MET.CTL.countDat # the expression measure table filenameRoot = "RatTox" # user defined filename prefix for results files sample1Name = "MET" # name for sample 1 in the experiment sample2Name = "CTL" # name for sample 2 in the experiment erccmix = "RatioPair" # name of ERCC mixture design, "RatioPair" is default erccdilution = 1/100 # dilution factor used for Ambion spike-in mixtures spikeVol = 1 # volume (in microliters) of diluted spike-in mixture added to # total RNA mass totalRNAmass = 0.500 # mass (in micrograms) of total RNA choseFDR = 0.05 # user defined false discovery rate (FDR), default is 0.05 ################################################### ### code chunk number 4: inspectRatCount ################################################### head(MET.CTL.countDat) ################################################### ### code chunk number 5: runDashboardRatcount ################################################### exDat <- runDashboard(datType="count", isNorm = FALSE, exTable=MET.CTL.countDat, filenameRoot="RatTox", sample1Name="MET", sample2Name="CTL", erccmix="RatioPair", erccdilution=1/100, spikeVol=1, totalRNAmass=0.500, choseFDR=0.1) ################################################### ### code chunk number 6: initializeData ################################################### summary(exDat) ################################################### ### code chunk number 7: ratPlotA ################################################### grid.arrange(exDat$Figures$dynRangePlot) ################################################### ### code chunk number 8: ratPlotB ################################################### grid.arrange(exDat$Figures$rocPlot) ################################################### ### code chunk number 9: ratPlotC ################################################### grid.arrange(exDat$Figures$lodrERCCPlot) ################################################### ### code chunk number 10: ratPlotD ################################################### grid.arrange(exDat$Figures$maPlot) ################################################### ### code chunk number 11: SEQCMainArray ################################################### exDat <- runDashboard(datType="array", isNorm = FALSE, exTable=UHRR.HBRR.arrayDat, filenameRoot = "Lab13.array", sample1Name = "UHRR", sample2Name="HBRR", erccmix = "RatioPair", erccdilution = 1, spikeVol = 50, totalRNAmass = 2.5*10^(3), choseFDR=0.01) ################################################### ### code chunk number 12: viewDashboardOrder ################################################### runDashboard ################################################### ### code chunk number 13: sessionData ################################################### sessionInfo()