### R code from vignette source 'Repitools_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPkg ################################################### options(prompt = " ", continue = " ") set.seed(4) library(Repitools) ################################################### ### code chunk number 2: findClusters ################################################### stats.table <- data.frame(chr = "chr1", pos = 1:500, t.stat = rnorm(500)) stats.table[100:104, "t.stat"] <- rnorm(5, 5) stats.table[200:204, "t.stat"] <- rnorm(5, -5) stats.clustered <- findClusters(stats.table, score.col = 3, w.size = 5, n.med = 2, n.consec = 3, cut.samps = seq(-2, -10, -2), maxFDR = 0.05, trend = "down", n.perm = 10) cluster.1 <- which(stats.clustered$cluster == 1) stats.clustered[cluster.1, ] ################################################### ### code chunk number 3: genomeBlocks ################################################### chrs <- c(50000, 10000) names(chrs) <- c("chr1", "chr2") genomeBlocks(chrs, width = 5000)