### R code from vignette source 'MGFR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MGFR.Rnw:56-58 ################################################### library("MGFR") ls("package:MGFR") ################################################### ### code chunk number 2: MGFR.Rnw:114-115 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 3: MGFR.Rnw:117-120 ################################################### data("ref.mat") dim(ref.mat) colnames(ref.mat) ################################################### ### code chunk number 4: reference ################################################### library(MGFR) data("ref.mat") markers.list <- getMarkerGenes.rnaseq(ref.mat, class.vec = colnames(ref.mat),samples2compare="all", annotate=TRUE, gene.ids.type="ensembl", score.cutoff=1) names(markers.list) # show the first 20 markers of liver markers.list[["liver_markers"]][1:20] ################################################### ### code chunk number 5: sessionInfo ################################################### sessionInfo()