### R code from vignette source 'GOstatsForUnsupportedOrganisms.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: available Schemas ################################################### library("AnnotationForge") available.dbschemas() ################################################### ### code chunk number 2: Acquire annotation data ################################################### library("org.Hs.eg.db") frame = toTable(org.Hs.egGO) goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id) head(goframeData) ################################################### ### code chunk number 3: transformGOFrame ################################################### goFrame=GOFrame(goframeData,organism="Homo sapiens") goAllFrame=GOAllFrame(goFrame) ################################################### ### code chunk number 4: Make GSC ################################################### library("GSEABase") gsc <- GeneSetCollection(goAllFrame, setType = GOCollection()) ################################################### ### code chunk number 5: