### R code from vignette source 'ChIC-Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ChIC-Vignette.Rnw:134-138 ################################################### options(width=60, str=strOptions(vec.len=3)) library(ChIC) chipName <- "ENCFF000BFX" inputName <- "ENCFF000BDQ" ################################################### ### code chunk number 2: ChIC-Vignette.Rnw:142-153 (eval = FALSE) ################################################### ## library(ChIC) ## ## chipName <- "ENCFF000BFX" ## inputName <- "ENCFF000BDQ" ## ## system(paste("wget https://www.encodeproject.org/files/", ## chipName, "/@@download/", ## chipName, ".bam", sep="")) ## system(paste("wget https://www.encodeproject.org/files/", ## inputName, "/@@download/", ## inputName, ".bam", sep="")) ################################################### ### code chunk number 3: ChIC-Vignette.Rnw:163-171 (eval = FALSE) ################################################### ## ChIC_RFscore<-chicWrapper( ## chipName=chipName, ## inputName=inputName, ## savePlotPath=getwd(), ## target= "H3K4me3", ## read_length=36, ## annotationID="hg19" ## ) ################################################### ### code chunk number 4: ChIC-Vignette.Rnw:225-226 ################################################### listAvailableElements("sharp") ################################################### ### code chunk number 5: ChIC-Vignette.Rnw:230-231 ################################################### listAvailableElements("broad") ################################################### ### code chunk number 6: ChIC-Vignette.Rnw:295-297 (eval = FALSE) ################################################### ## chipBam <- readBamFile(chipName) ## inputBam <- readBamFile(inputName) ################################################### ### code chunk number 7: ChIC-Vignette.Rnw:303-308 (eval = FALSE) ################################################### ## subset_chromosomes<-c("chr17","chr18","chr19") ## chipSubset<-lapply(chipBam, ## FUN=function(x) {x[subset_chromosomes]}) ## inputSubset<-lapply(inputBam, ## FUN=function(x) {x[subset_chromosomes]}) ################################################### ### code chunk number 8: ChIC-Vignette.Rnw:313-319 ################################################### data("chipSubset", package = "ChIC.data", envir = environment()) str(chipSubset) data("inputSubset", package = "ChIC.data", envir = environment()) str(inputSubset) ################################################### ### code chunk number 9: ChIC-Vignette.Rnw:331-338 (eval = FALSE) ################################################### ## EM_Results <- qualityScores_EM( ## chipName=chipName, ## inputName=inputName, ## chip.data=chipSubset, ## input.data=inputSubset, ## annotationID="hg19", ## read_length=36) ################################################### ### code chunk number 10: ChIC-Vignette.Rnw:341-343 ################################################### data("EM_Results", package = "ChIC.data", envir = environment()) ################################################### ### code chunk number 11: ChIC-Vignette.Rnw:356-364 (eval = FALSE) ################################################### ## EM_Results <- qualityScores_EM( ## chipName=chipName, ## inputName=inputName, ## chip.data=chipSubset, ## input.data=inputSubset, ## annotationID="hg19", ## read_length=36, ## mc=20) ################################################### ### code chunk number 12: ChIC-Vignette.Rnw:385-386 ################################################### finalTagshift<-EM_Results$QCscores_ChIP$tag.shift ################################################### ### code chunk number 13: ChIC-Vignette.Rnw:393-395 ################################################### selectedTagsChip<-EM_Results$SelectedTagsChip selectedTagsInput<-EM_Results$SelectedTagsInput ################################################### ### code chunk number 14: Fingerprint (eval = FALSE) ################################################### ## GM_Results<-qualityScores_GM( ## selectedTagsChip=selectedTagsChip, ## selectedTagsInput=selectedTagsInput, ## tag.shift=finalTagshift, ## annotationID="hg19") ################################################### ### code chunk number 15: ChIC-Vignette.Rnw:425-426 ################################################### GM_Results<-qualityScores_GM( selectedTagsChip=selectedTagsChip, selectedTagsInput=selectedTagsInput, tag.shift=finalTagshift, annotationID="hg19") ################################################### ### code chunk number 16: ChIC-Vignette.Rnw:433-434 ################################################### str(GM_Results) ################################################### ### code chunk number 17: ChIC-Vignette.Rnw:444-449 ################################################### Meta_Results<-createMetageneProfile( selectedTagsChip=selectedTagsChip, selectedTagsInput=selectedTagsInput, tag.shift=finalTagshift, annotationID="hg19") ################################################### ### code chunk number 18: ChIC-Vignette.Rnw:452-457 (eval = FALSE) ################################################### ## Meta_Results<-createMetageneProfile( ## selectedTagsChip=selectedTagsChip, ## selectedTagsInput=selectedTagsInput, ## tag.shift=finalTagshift, ## annotationID="hg19") ################################################### ### code chunk number 19: TSSplot (eval = FALSE) ################################################### ## TSSProfile<-qualityScores_LM( ## data=Meta_Results, ## tag="TSS", plot="split") ################################################### ### code chunk number 20: ChIC-Vignette.Rnw:492-493 ################################################### TSSProfile<-qualityScores_LM( data=Meta_Results, tag="TSS", plot="split") ################################################### ### code chunk number 21: geneBodyplot (eval = FALSE) ################################################### ## geneBodyProfile<-qualityScores_LM( ## data=Meta_Results, ## tag="geneBody", plot="split") ################################################### ### code chunk number 22: ChIC-Vignette.Rnw:519-520 ################################################### geneBodyProfile<-qualityScores_LM( data=Meta_Results, tag="geneBody", plot="split") ################################################### ### code chunk number 23: geneBodyplotNorm (eval = FALSE) ################################################### ## geneBodyProfile<-qualityScores_LM( ## data=Meta_Results, ## tag="geneBody", plot="norm") ################################################### ### code chunk number 24: ChIC-Vignette.Rnw:541-542 ################################################### geneBodyProfile<-qualityScores_LM( data=Meta_Results, tag="geneBody", plot="norm") ################################################### ### code chunk number 25: ChIC-Vignette.Rnw:575-576 ################################################### head(listDatasets(dataset="ENCODE")) ################################################### ### code chunk number 26: geneBodyplotComparison (eval = FALSE) ################################################### ## metagenePlotsForComparison( ## data = Meta_Results, ## target = "H3K4me3", ## tag = "geneBody", ## plot="chip") ################################################### ### code chunk number 27: ChIC-Vignette.Rnw:603-604 ################################################### metagenePlotsForComparison( data = Meta_Results, target = "H3K4me3", tag = "geneBody", plot="chip") ################################################### ### code chunk number 28: geneBodyplotComparisonNorm (eval = FALSE) ################################################### ## metagenePlotsForComparison( ## data = Meta_Results, ## target = "H3K4me3", ## tag = "geneBody", ## plot="norm") ################################################### ### code chunk number 29: ChIC-Vignette.Rnw:627-628 ################################################### metagenePlotsForComparison( data = Meta_Results, target = "H3K4me3", tag = "geneBody", plot="norm") ################################################### ### code chunk number 30: TSSplotComparison (eval = FALSE) ################################################### ## metagenePlotsForComparison( ## data = Meta_Results, ## target = "H3K4me3", ## tag = "TSS", ## plot="norm") ################################################### ### code chunk number 31: ChIC-Vignette.Rnw:650-651 ################################################### metagenePlotsForComparison( data = Meta_Results, target = "H3K4me3", tag = "TSS", plot="norm") ################################################### ### code chunk number 32: ChIC-Vignette.Rnw:666-667 ################################################### listAvailableElements(target="mark") ################################################### ### code chunk number 33: ValueComparison (eval = FALSE) ################################################### ## plotReferenceDistribution( ## target = "H3K4me3", ## metricToBePlotted = "RSC", ## currentValue = EM_Results$QCscores_ChIP$CC_RSC ## ) ################################################### ### code chunk number 34: ChIC-Vignette.Rnw:694-695 ################################################### plotReferenceDistribution( target = "H3K4me3", metricToBePlotted = "RSC", currentValue = EM_Results$QCscores_ChIP$CC_RSC ) ################################################### ### code chunk number 35: ChIC-Vignette.Rnw:708-709 ################################################### head(listMetrics("EM")) ################################################### ### code chunk number 36: ChIC-Vignette.Rnw:717-721 ################################################### # compute the missing part TESProfile<-qualityScores_LM( data=Meta_Results, tag="TES", plot="none") ################################################### ### code chunk number 37: ChIC-Vignette.Rnw:725-733 ################################################### ChIC_RFscore <-predictionScore( target="H3K4me3", features_cc=EM_Results, features_global=GM_Results, features_TSS=TSSProfile, features_TES=TESProfile, features_scaled=geneBodyProfile ) ################################################### ### code chunk number 38: ChIC-Vignette.Rnw:738-739 ################################################### ChIC_RFscore["values", "P"]