### R code from vignette source 'BaseSpaceR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BaseSpaceR.Rnw:41-42 ################################################### options(width = 95) ################################################### ### code chunk number 2: BaseSpaceR.Rnw:133-136 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install() ################################################### ### code chunk number 3: BaseSpaceR.Rnw:142-145 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("BaseSpaceR") ################################################### ### code chunk number 4: BaseSpaceR.Rnw:149-150 ################################################### library(BaseSpaceR) ################################################### ### code chunk number 5: BaseSpaceR.Rnw:271-273 ################################################### data(aAuth) aAuth ################################################### ### code chunk number 6: BaseSpaceR.Rnw:291-293 ################################################### u <- Users(aAuth) u ################################################### ### code chunk number 7: BaseSpaceR.Rnw:300-302 ################################################### Id(u) Name(u) ################################################### ### code chunk number 8: BaseSpaceR.Rnw:310-313 ################################################### u$Id u$Email u$fakeElement ################################################### ### code chunk number 9: BaseSpaceR.Rnw:320-324 ################################################### u <- Users() u u$Id u$UserOwnedBy ################################################### ### code chunk number 10: BaseSpaceR.Rnw:331-333 ################################################### Users(aAuth, id = 1463464) Users(aAuth, id = "1463464") ################################################### ### code chunk number 11: BaseSpaceR.Rnw:349-351 ################################################### g <- listGenomes(aAuth, Limit = 100) g$SpeciesName ################################################### ### code chunk number 12: BaseSpaceR.Rnw:364-366 ################################################### length(g) TotalCount(g) ################################################### ### code chunk number 13: BaseSpaceR.Rnw:372-374 ################################################### g[[3]] is(g[[3]], "Item") ################################################### ### code chunk number 14: BaseSpaceR.Rnw:380-382 ################################################### g[2:4] g[1] ################################################### ### code chunk number 15: BaseSpaceR.Rnw:395-399 ################################################### listGenomes(aAuth, Limit = 2) g <- listGenomes(aAuth, Offset = 5, Limit = 2, SortBy = "Build") g TotalCount(g) # Collection size remains constant ################################################### ### code chunk number 16: BaseSpaceR.Rnw:406-407 ################################################### Genomes(aAuth, id = 4) ################################################### ### code chunk number 17: BaseSpaceR.Rnw:414-415 ################################################### Genomes(aAuth, id = c(4, 1, 110)) ################################################### ### code chunk number 18: BaseSpaceR.Rnw:422-423 ################################################### Genomes(aAuth, id = 4, simplify = TRUE) ################################################### ### code chunk number 19: BaseSpaceR.Rnw:430-431 ################################################### Genomes(g) ################################################### ### code chunk number 20: BaseSpaceR.Rnw:444-446 ################################################### r <- listRuns(aAuth) r ################################################### ### code chunk number 21: BaseSpaceR.Rnw:452-453 ################################################### listRuns(aAuth, Statuses = "Failed") # no failed runs in our case ################################################### ### code chunk number 22: BaseSpaceR.Rnw:459-461 ################################################### myRun <- Runs(r[1], simplify = TRUE) myRun ################################################### ### code chunk number 23: BaseSpaceR.Rnw:468-470 ################################################### f <- listFiles(myRun) Name(f) ################################################### ### code chunk number 24: BaseSpaceR.Rnw:475-476 ################################################### listFiles(myRun, Limit = 2, Extensions = ".bcl") ################################################### ### code chunk number 25: BaseSpaceR.Rnw:490-491 ################################################### Projects(listProjects(aAuth, Limit = 1), simplify = TRUE) ################################################### ### code chunk number 26: BaseSpaceR.Rnw:497-499 ################################################### myNewProj <- createProject(aAuth, name = "My New Project") myNewProj ################################################### ### code chunk number 27: BaseSpaceR.Rnw:528-530 ################################################### reseq <- listAppResults(aAuth, projectId = 21383369, Limit = 1) AppResults(reseq) ################################################### ### code chunk number 28: BaseSpaceR.Rnw:539-540 (eval = FALSE) ################################################### ## system.file("doc", "BaseSpaceR-QscoreApp.pdf", package = "BaseSpaceR") ################################################### ### code chunk number 29: BaseSpaceR.Rnw:560-563 ################################################### f <- listFiles(AppResults(reseq)) TotalCount(f) Name(f) ################################################### ### code chunk number 30: BaseSpaceR.Rnw:569-570 ################################################### identical(f, listFiles(aAuth, appResultId = Id(reseq))) ################################################### ### code chunk number 31: BaseSpaceR.Rnw:579-581 ################################################### f <- listFiles(aAuth, appResultId = Id(reseq), Extensions = ".bam") Name(f) ################################################### ### code chunk number 32: BaseSpaceR.Rnw:588-589 ################################################### Files(f) ################################################### ### code chunk number 33: BaseSpaceR.Rnw:614-618 ################################################### bamFiles <- listFiles(AppResults(reseq), Extensions = ".bam") Name(bamFiles) Id(bamFiles) bamFiles ################################################### ### code chunk number 34: BaseSpaceR.Rnw:624-625 ################################################### getCoverageStats(aAuth, id = Id(bamFiles), "phix") ################################################### ### code chunk number 35: BaseSpaceR.Rnw:641-645 ################################################### vcfs <- listFiles(AppResults(reseq), Extensions = ".vcf") Name(vcfs) Id(vcfs) vcfs ################################################### ### code chunk number 36: BaseSpaceR.Rnw:651-652 (eval = FALSE) ################################################### ## getVariants(aAuth, Id(vcfs)[1], chrom = "chr", EndPos = 1000000L, Limit = 5) ################################################### ### code chunk number 37: BaseSpaceR.Rnw:696-702 ################################################### myAppClientId <- "aaaaa8acb37a441fa71af5072fd7432b" myAppClientSecret <- "bbbbb8acb37a441fa71af5072fd7432b" aAuth <- AppAuth(client_id = myAppClientId, client_secret = myAppClientSecret, scope = "create global") ################################################### ### code chunk number 38: BaseSpaceR.Rnw:736-741 ################################################### aAuth <- AppAuth(client_id = myAppClientId, client_secret = myAppClientSecret, scope = "read global", doOAuth = FALSE) aAuth ################################################### ### code chunk number 39: BaseSpaceR.Rnw:750-752 ################################################### res <- initializeAuth(aAuth, scope = character()) res ################################################### ### code chunk number 40: BaseSpaceR.Rnw:767-769 (eval = FALSE) ################################################### ## requestAccessToken(aAuth) ## hasAccess(aAuth) ################################################### ### code chunk number 41: BaseSpaceR.Rnw:797-799 ################################################### data(aAuth) app_access_token <- aAuth$access_token ################################################### ### code chunk number 42: BaseSpaceR.Rnw:805-807 ################################################### newAuth <- AppAuth(access_token = app_access_token) newAuth ################################################### ### code chunk number 43: BaseSpaceR.Rnw:820-824 ################################################### newAuth <- AppAuth(access_token = app_access_token, client_secret = myAppClientSecret, client_id = myAppClientId) newAuth ################################################### ### code chunk number 44: BaseSpaceR.Rnw:837-838 ################################################### toLatex(sessionInfo())