### R code from vignette source 'msd16s.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: msd16s.Rnw:34-37 ################################################### suppressMessages(library(metagenomeSeq)) library(msd16s) data(msd16s) ################################################### ### code chunk number 2: msd16s.Rnw:43-44 ################################################### msd16s ################################################### ### code chunk number 3: msd16s.Rnw:52-54 ################################################### phenoData(msd16s) head(pData(msd16s)) ################################################### ### code chunk number 4: msd16s.Rnw:58-60 ################################################### featureData(msd16s) head(fData(msd16s)) ################################################### ### code chunk number 5: msd16s.Rnw:64-65 ################################################### head(MRcounts(msd16s[,1:10])) ################################################### ### code chunk number 6: msd16s.Rnw:69-71 ################################################### msd16s_bangladesh = msd16s[,pData(msd16s)$Country == "Bangladesh"] msd16s_bangladesh