### R code from vignette source 'spkDoc.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: spkDoc.Rnw:229-230 ################################################### library(spkTools) ################################################### ### code chunk number 2: spkDoc.Rnw:233-235 ################################################### data(affy) object <- affy ################################################### ### code chunk number 3: spkDoc.Rnw:239-242 ################################################### fc=2 label="Affymetrix" par(mar=c(3,2.5,2,0.5), cex=1.8) ################################################### ### code chunk number 4: spkDoc.Rnw:249-250 ################################################### spkSlopeOut <- spkSlope(object, label, pch="+") ################################################### ### code chunk number 5: spkDoc.Rnw:264-265 ################################################### spkDensity(object, spkSlopeOut, cuts=TRUE, label) ################################################### ### code chunk number 6: spkDoc.Rnw:278-281 ################################################### spkBoxOut <- spkBox(object, spkSlopeOut, fc) plotSpkBox(spkBoxOut, fc, ylim=c(-1.5,2.5)) sbox <- summarySpkBox(spkBoxOut) ################################################### ### code chunk number 7: spkDoc.Rnw:297-298 ################################################### spkMA(object, spkSlopeOut, fc, label=label, ylim=c(-2.5,2.5)) ################################################### ### code chunk number 8: spkDoc.Rnw:316-330 ################################################### vtmp <- spkVar(object) sv <- as.numeric(vtmp[,2][-nrow(vtmp)]) bin <- c("Low", "Med", "High") bins <- bin[spkSlopeOut$breaks[2,]] tab1 <- data.frame(NominalConc=2^spkSlopeOut$breaks[1,], AvgExp=round(spkSlopeOut$avgExp,1), PropGenesBelow=round(spkSlopeOut$prop,2), ALEStrata=bins, SD=round(sv,2)) colnames(tab1) <- c("Nominal Conc", "Avg Expression", "Prop of Genes Below", "ALE Strata", "Std Dev") ################################################### ### code chunk number 9: spkDoc.Rnw:333-336 ################################################### library(xtable) tab1x <- xtable(tab1) print(tab1x) ################################################### ### code chunk number 10: spkDoc.Rnw:352-366 ################################################### AccuracySlope <- round(spkSlopeOut$slopes[-1], digits=2) AccuracySD <- round(spkAccSD(object, spkSlopeOut), digits=2) pot <- spkPot(object, spkSlopeOut, AccuracySlope, AccuracySD, precisionQuantile=.995) PrecisionSD <- round(sbox$madFC[1:3], digits=2) PrecisionQuantile <- round(pot$quantiles, digits=2) SNR <- round(AccuracySlope/PrecisionSD, digits=2) POT <- round(pot$POTs, digits=2) tab2 <- data.frame(AccuracySlope=AccuracySlope, AccuracySD=AccuracySD, PrecisionSD=PrecisionSD, PrecisionQuantile=PrecisionQuantile, SNR=SNR, POT=POT) ################################################### ### code chunk number 11: spkDoc.Rnw:368-370 ################################################### tab2x <- xtable(tab2) print(tab2x) ################################################### ### code chunk number 12: spkDoc.Rnw:392-395 ################################################### bals <- round(spkBal(object)) anv <- round(spkAnova(object), digits=2) tab3 <- t(c(anv,bals)) ################################################### ### code chunk number 13: spkDoc.Rnw:397-399 ################################################### tab3x <- xtable(tab3) print(tab3x)