### R code from vignette source 'fastseg.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: fastseg.Rnw:39-42 ################################################### options(width=80) set.seed(0) fastsegVersion <- packageDescription("fastseg")$Version ################################################### ### code chunk number 2: fastseg.Rnw:106-107 ################################################### library(fastseg) ################################################### ### code chunk number 3: fastseg.Rnw:123-131 ################################################### data(coriell) head(coriell) samplenames <- colnames(coriell)[4:5] data <- as.matrix(coriell[4:5]) #data[is.na(data)] <- median(data, na.rm=TRUE) chrom <- coriell$Chromosome maploc <- coriell$Position ################################################### ### code chunk number 4: fastseg.Rnw:144-149 ################################################### data2 <- data[, 1] res <- fastseg(data2) head(res) ################################################### ### code chunk number 5: fastseg.Rnw:153-156 ################################################### data2 <- data[1:400, ] res <- fastseg(data2) head(res) ################################################### ### code chunk number 6: fastseg.Rnw:162-182 ################################################### library("GenomicRanges") ## with both individuals gr <- GRanges(seqnames=chrom, ranges=IRanges(maploc, end=maploc)) mcols(gr) <- data colnames(mcols(gr)) <- samplenames res <- fastseg(gr) head(res) ## with one individual gr2 <- gr data2 <- as.matrix(data[, 1]) colnames(data2) <- "sample1" mcols(gr2) <- data2 res <- fastseg(gr2) head(res) ################################################### ### code chunk number 7: fastseg.Rnw:187-201 ################################################### library(oligo) eSet <- new("ExpressionSet") assayData(eSet) <- list(intensity=data) featureData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame", data=data.frame( chrom = paste("chr",chrom,sep=""), start = maploc, end = maploc,stringsAsFactors=FALSE)) phenoData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame", data=data.frame(samples=samplenames)) sampleNames(eSet) <- samplenames res <- fastseg(eSet) head(res) ################################################### ### code chunk number 8: fastseg.Rnw:205-210 ################################################### data2 <- data[, 1] res <- fastseg(data2) head(res) ################################################### ### code chunk number 9: fastseg.Rnw:214-217 ################################################### data2 <- data[1:400, ] res <- fastseg(data2) head(res) ################################################### ### code chunk number 10: fastseg.Rnw:225-231 ################################################### ## with both individuals gr <- GRanges(seqnames=chrom, ranges=IRanges(maploc, end=maploc)) mcols(gr) <- data colnames(mcols(gr)) <- samplenames res <- fastseg(gr,segMedianT=0.2) ################################################### ### code chunk number 11: fastseg.Rnw:237-238 ################################################### segPlot(gr,res, plot.type="w") ################################################### ### code chunk number 12: fastseg.Rnw:245-246 ################################################### segPlot(gr,res, plot.type="s") ################################################### ### code chunk number 13: fastseg.Rnw:259-261 ################################################### data(fastsegData) system.time(res <- fastseg(fastsegData)) ################################################### ### code chunk number 14: fastseg.Rnw:265-266 ################################################### segPlot(fastsegData,res, plot.type="w") ################################################### ### code chunk number 15: fastseg.Rnw:270-273 ################################################### library(DNAcopy) cna <- DNAcopy::CNA(fastsegData,chrom="chr1",maploc=1:length(fastsegData)) system.time(res2 <- DNAcopy::segment(cna)) ################################################### ### code chunk number 16: fastseg.Rnw:277-278 ################################################### plot(res2, plot.type="w", xmaploc=TRUE) ################################################### ### code chunk number 17: fastseg.Rnw:296-297 (eval = FALSE) ################################################### ## toBibtex(citation("fastseg"))