### R code from vignette source 'useProbeInfo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library("annotate") library("rae230a.db") library("rae230aprobe") ################################################### ### code chunk number 2: selprobe ################################################### ps = names(as.list(rae230aACCNUM)) myp = ps[1001] myA = get(myp, rae230aACCNUM) wp = rae230aprobe$Probe.Set.Name == myp myPr = rae230aprobe[wp,] ################################################### ### code chunk number 3: getACC ################################################### myseq = getSEQ(myA) nchar(myseq) library("Biostrings") mybs = DNAString(myseq) match1 = matchPattern(as.character(myPr[1,1]), mybs) match1 as.matrix(ranges(match1)) myPr[1,5] ################################################### ### code chunk number 4: getRev ################################################### myp = ps[100] myA = get(myp, rae230aACCNUM) wp = rae230aprobe$Probe.Set.Name == myp myPr = rae230aprobe[wp,] myseq = getSEQ(myA) mybs = DNAString(myseq) Prstr = as.character(myPr[1,1]) match2 = matchPattern(Prstr, mybs) ## expecting 0 (no match) length(match2) match2 = matchPattern(reverseComplement(DNAString(Prstr)), mybs) nchar(match2) nchar(myseq) - as.matrix(ranges(match2)) myPr[1,5] ################################################### ### code chunk number 5: useProbeInfo.Rnw:159-160 ################################################### sessionInfo()