### R code from vignette source 'eudysbiome.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: eudysbiome.Rnw:88-93 (eval = FALSE) ################################################### ## library("eudysbiome") ## input.fasta = "Unclassified.fasta" ## # using the extracted fasta and taxonomy as template ## assignTax(fasta = input.fasta,ksize = 8, iters = 100, ## cutoff = 80, processors=1, dir.out = "assignTax_out") ################################################### ### code chunk number 2: eudysbiome.Rnw:103-105 ################################################### genera = c("Lactobacillus","Bacteroides") #species = tableSpecies(tax.file = "*.taxonomy", microbe = genera) ################################################### ### code chunk number 3: eudysbiome.Rnw:113-119 ################################################### library("eudysbiome") data(diffGenera) head(diffGenera) data(harmGenera) annotation = microAnnotate(diffGenera, annotated.micro = harmGenera) ################################################### ### code chunk number 4: Cartesian ################################################### data(microDiff) microDiff attach(microDiff) par(mar = c(5,4.1,5.1,5)) Cartesian(data ,micro.anno = micro.anno,comp.anno= comp.anno, unknown=TRUE,point.col = c("blue","purple","orange")) ################################################### ### code chunk number 5: microCount ################################################### microCount = contingencyCount(data ,micro.anno = micro.anno, comp.anno= comp.anno) ################################################### ### code chunk number 6: test ################################################### microTest = contingencyTest(microCount,alternative ="greater") microTest["Chisq.p"] microTest["Fisher.p"] ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())