### R code from vignette source 'rtPCR-usage.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=50) ################################################### ### code chunk number 2: exec ddCt inside R (eval = FALSE) ################################################### ## scFile <- system.file("scripts/ddCt.R", package="ddCt") ## inputFile <- system.file("extdata/Experiment1.txt", package="ddCt") ## source(scFile) ## ddCtExec(list(inputFile=inputFile, ...)) ################################################### ### code chunk number 3: load ddct ################################################### source(system.file("scripts", "ddCt.R", package="ddCt")) ################################################### ### code chunk number 4: specifyFiles ################################################### params <- list(loadPath = system.file("extdata", package="ddCt"), savePath = getwd()) ################################################### ### code chunk number 5: The Data ################################################### params$confFile <- system.file("scripts", "ddCt.conf", package="ddCt") params$inputFile <- c("Experiment1.txt") params$sampleAnnotationFile = NULL params$columnForGrouping = NULL params$onlyFromAnnotation = FALSE ################################################### ### code chunk number 6: transform ################################################### #params$geneAlias = c("Gene1"="Gene A", # "Gene4"="Gene B", # "Gene5"="Gene C", # "Gene2"="HK1", # "Gene3"="HK2") #params$sampleAlias = NULL ################################################### ### code chunk number 7: housekeeping ################################################### params$referenceGene <- c("Gene1", "Gene2") params$referenceSample <- c("Sample1") ################################################### ### code chunk number 8: threshold ################################################### params$threshold <- 40 ################################################### ### code chunk number 9: mode ################################################### params$mode = "median" ################################################### ### code chunk number 10: effizienzen synta (eval = FALSE) ################################################### ## params$efficiencies = c("Gene1"=1.9, "Gene2"=2, ...) ################################################### ### code chunk number 11: effizienzen ################################################### #params$efficiencies = c("Gene A"=1.9,"Gene B"=1.8,"HK1"=2,"Gene C"=2,"HK2"=2) #params$efficienciesError = c("Gene A"=0.01,"Gene B"=0.1,"HK1"=0.05,"Gene C"=0.01,"HK2"=0.2) ################################################### ### code chunk number 12: PlotMode ################################################### params$plotMode = c("level","Ct") ################################################### ### code chunk number 13: remaining ################################################### #REMAIN params$genesRemainInOutput = NULL params$samplesRemainInOutput = NULL #NOT params$genesNotInOutput = NULL params$samplesNotInOutput = NULL ################################################### ### code chunk number 14: grouping ################################################### params$groupingBySamples = FALSE ################################################### ### code chunk number 15: plot0 ################################################### params$plotPerObject = TRUE ################################################### ### code chunk number 16: plot1 ################################################### #params$groupingForPlot = NULL #params$groupingColor = c("#E41A1C","#377EB8","#4DAF4A","#984EA3","#FF7F00") ################################################### ### code chunk number 17: plot2 ################################################### #params$cutoff = NULL ################################################### ### code chunk number 18: plot3 ################################################### #params$brewerColor = c("Set3","Set1","Accent","Dark2","Spectral","PuOr","BrBG") ################################################### ### code chunk number 19: plot4 ################################################### params$legende = TRUE ################################################### ### code chunk number 20: ttest1 ################################################### params$ttestPerform = FALSE ################################################### ### code chunk number 21: ttest ################################################### #params$ttestCol = NULL ################################################### ### code chunk number 22: ttest3 ################################################### #params$pairsCol = NULL ################################################### ### code chunk number 23: ttest4 ################################################### #params$samplesRemainInTTest = NULL #params$samplesNotInTTest = NULL ################################################### ### code chunk number 24: correlation ################################################### #params$samplesRemainInCor = NULL #params$samplesNotInCor = NULL ################################################### ### code chunk number 25: execute ddct ################################################### ddCtExec(params) ################################################### ### code chunk number 26: Sweave (eval = FALSE) ################################################### ## Sweave("rtPCR-usage.Rnw") ################################################### ### code chunk number 27: End of session ################################################### toLatex(sessionInfo())