### R code from vignette source 'cycle.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: cycle.Rnw:39-40 ################################################### library(cycle) ################################################### ### code chunk number 2: cycle.Rnw:43-44 ################################################### set.seed(1) ################################################### ### code chunk number 3: cycle.Rnw:53-55 ################################################### data(yeast) yeast <- yeast[1:200,] ################################################### ### code chunk number 4: cycle.Rnw:63-64 ################################################### yeast <- filter.NA(yeast, thres=0.25) ################################################### ### code chunk number 5: cycle.Rnw:73-74 ################################################### yeast <- fill.NA(yeast,mode="mean") ################################################### ### code chunk number 6: cycle.Rnw:85-86 ################################################### yeast <- standardise(yeast) ################################################### ### code chunk number 7: cycle.Rnw:100-105 ################################################### auto.corr <- 0 for (i in 2:dim(exprs(yeast))[[2]]){ auto.corr[i] <- cor(exprs(yeast)[,i-1],exprs(yeast)[,i]) } auto.corr ################################################### ### code chunk number 8: cycle.Rnw:125-126 ################################################### T.yeast <- 85 ################################################### ### code chunk number 9: cycle.Rnw:132-134 ################################################### times.yeast <- pData(yeast)$time times.yeast ################################################### ### code chunk number 10: cycle.Rnw:145-146 ################################################### NN <- 100 ################################################### ### code chunk number 11: cycle.Rnw:155-156 ################################################### fdr.rr <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="rr",N=NN,progress=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: cycle.Rnw:165-166 ################################################### fdr.ar1 <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="ar1",N=NN,progress=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: cycle.Rnw:178-180 ################################################### sum(fdr.rr$fdr < 0.25) sum(fdr.ar1$fdr < 0.25) ################################################### ### code chunk number 14: cycle.Rnw:186-187 ################################################### fdr.ar1$fdr[which(fdr.ar1$fdr < 0.25)]