### R code from vignette source 'ctc.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ctc.Rnw:45-48 ################################################### data(USArrests) h = hclust(dist(USArrests)) plot(h) ################################################### ### code chunk number 2: ctc.Rnw:51-52 ################################################### heatmap(as.matrix(USArrests)) ################################################### ### code chunk number 3: ctc.Rnw:61-63 ################################################### library(ctc) r2xcluster(USArrests,file='USArrests_xcluster.txt') ################################################### ### code chunk number 4: ctc.Rnw:66-67 ################################################### r2cluster(USArrests,file='USArrests_xcluster.txt') ################################################### ### code chunk number 5: ctc.Rnw:92-94 ################################################### hr = hclust(dist(USArrests)) hc = hclust(dist(t(USArrests))) ################################################### ### code chunk number 6: ctc.Rnw:101-102 ################################################### write(hc2Newick(hr),file='hclust.newick') ################################################### ### code chunk number 7: ctc.Rnw:106-109 ################################################### r2atr(hc,file="cluster.atr") r2gtr(hr,file="cluster.gtr") r2cdt(hr,hc,USArrests ,file="cluster.cdt") ################################################### ### code chunk number 8: ctc.Rnw:113-114 ################################################### hclust2treeview(USArrests,file="cluster.cdt")