### R code from vignette source 'RankProd.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: RankProd.Rnw:134-135 ################################################### library(RankProd) ################################################### ### code chunk number 2: RankProd.Rnw:141-142 ################################################### data(arab) ################################################### ### code chunk number 3: RankProd.Rnw:184-187 ################################################### n <- 5 cl <- rep(1,5) cl ################################################### ### code chunk number 4: RankProd.Rnw:200-204 ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl ################################################### ### code chunk number 5: RankProd.Rnw:220-226 ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl origin <- rep(1, n1+n2) origin ################################################### ### code chunk number 6: RankProd.Rnw:231-236 ################################################### n <- 9 cl <- rep(1,n) cl origin <- rep(1, n) origin ################################################### ### code chunk number 7: RankProd.Rnw:250-252 ################################################### origin <- c(rep(1, 6), rep(2,4), rep(3,8)) origin ################################################### ### code chunk number 8: RankProd.Rnw:263-266 ################################################### colnames(arab) arab.cl arab.origin ################################################### ### code chunk number 9: RankProd.Rnw:283-286 ################################################### arab.sub <- arab[,which(arab.origin==1)] arab.cl.sub <- arab.cl[which(arab.origin==1)] arab.origin.sub <- arab.origin[which(arab.origin==1)] ################################################### ### code chunk number 10: RankProd.Rnw:293-295 ################################################### RP.out <- RankProducts(arab.sub,arab.cl.sub, logged=TRUE, na.rm=FALSE,plot=FALSE, rand=123) ################################################### ### code chunk number 11: RankProd.Rnw:337-338 ################################################### plotRP(RP.out, cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 12: RankProd.Rnw:358-360 ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,method="pfp", logged=TRUE,logbase=2,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 13: RankProd.Rnw:403-409 ################################################### ##identify differentially expressed genes RP.adv.out <- RP.advance(arab,arab.cl,arab.origin, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) #The last command can also be written using the old syntax #RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl,arab.origin, #logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### code chunk number 14: RankProd.Rnw:413-414 ################################################### plotRP(RP.adv.out, cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 15: RankProd.Rnw:423-425 ################################################### topGene(RP.adv.out,cutoff=0.05,method="pfp",logged=TRUE,logbase=2, gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 16: RankProd.Rnw:446-447 ################################################### data(lymphoma) ################################################### ### code chunk number 17: RankProd.Rnw:486-495 ################################################### refrs <- (1:8)*2-1 samps <- (1:8)*2 M <- lym.exp[,samps]-lym.exp[,refrs] colnames(M) cl <- c(rep(0,4),rep(1,4)) cl #"CLL" is class 1, and "DLCL" is class 2 RP.out <- RankProducts(M,cl, logged=TRUE, rand=123) #The last command can also be written using the old syntax # RP.out <- RP(M,cl,logged=TRUE,rand=123) ################################################### ### code chunk number 18: RankProd.Rnw:498-499 ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,logged=TRUE,logbase=exp(1)) ################################################### ### code chunk number 19: RankProd.Rnw:556-557 ################################################### data(Apples) ################################################### ### code chunk number 20: RankProd.Rnw:562-563 ################################################### Biom ################################################### ### code chunk number 21: RankProd.Rnw:579-582 ################################################### RS.apples<-RankProducts(apples.data.vsn, apples.cl, gene.names = rownames(apples.data.vsn), calculateProduct = FALSE, rand=123) ################################################### ### code chunk number 22: RankProd.Rnw:590-593 ################################################### topGene(RS.apples,cutoff = 0.05, method = "pfp", gene.names = rownames(apples.data.vsn)) selected <- which(RS.apples$pfp[,1]<= 0.05) ################################################### ### code chunk number 23: RankProd.Rnw:599-600 ################################################### selected %in% Biom ################################################### ### code chunk number 24: RankProd.Rnw:667-671 ################################################### arab.cl2 <- arab.cl arab.cl2[arab.cl==0 &arab.origin==2] <- 1 arab.cl2[arab.cl==1 &arab.origin==2] <- 0 arab.cl2 ################################################### ### code chunk number 25: RankProd.Rnw:678-684 ################################################### Rsum.adv.out <- RP.advance(arab,arab.cl2,arab.origin,calculateProduct=FALSE, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) # also the old syntax can be used #Rsum.adv.out <- RSadvance(arab,arab.cl2,arab.origin, #logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) topGene(Rsum.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 26: RankProd.Rnw:692-693 ################################################### topGene(Rsum.adv.out,num.gene=10,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 27: RankProd.Rnw:696-697 ################################################### plotRP(Rsum.adv.out,cutoff=0.05) ################################################### ### code chunk number 28: RankProd.Rnw:705-710 ################################################### RP.adv.out <- RP.advance(arab,arab.cl2,arab.origin,calculateProduct=TRUE, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) # also the old syntax can be used #RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl2,arab.origin, #logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### code chunk number 29: RankProd.Rnw:713-714 ################################################### topGene(RP.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### code chunk number 30: RankProd.Rnw:720-721 ################################################### RP.adv.out$Orirank[[1]][344,]