### R code from vignette source 'rnaSeqMap.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: camelRegions (eval = FALSE) ################################################### ## rs <- newSeqReads(ch,st, en, str); ## rs <- getBamData(rs,idx.both, cvd=cvd) ## nd <- getCoverageFromRS(rs, idx.both) ################################################### ### code chunk number 2: camel1 (eval = FALSE) ################################################### ## idxT <- which(samples$condition=="T") ## idxC <- which(samples$condition=="C") ################################################### ### code chunk number 3: camel2 (eval = FALSE) ################################################### ## regions.gR <- rnaSeqMap:::.fiveCol2GRanges(tmp) ################################################### ### code chunk number 4: camel3 (eval = FALSE) ################################################### ## regionsCamelMeasures <- gRanges2CamelMeasures(regions.gR,samples,idxT,idxC,sums=sums,progress=10) ################################################### ### code chunk number 5: camel4 (eval = FALSE) ################################################### ## idx <- which(regionsCamelMeasures[,"covDensC1"]>10 | regionsCamelMeasures[,"covDensC1"]>10) ## regionsCamelMeasures <- regionsCamelMeasures[idx, ] ################################################### ### code chunk number 6: camel5 (eval = FALSE) ################################################### ## o <- order(regionsCamelMeasures[,"QQ.mm"], decreasing=T) ## regionsCamelMeasures <- regionsCamelMeasures [o, ] ################################################### ### code chunk number 7: Lindell (eval = FALSE) ################################################### ## nd.AL <- findRegionsAsND(nd, 15, minsup=5)