### R code from vignette source 'MetaGxPancreas.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup (eval = FALSE) ################################################### ## options(keep.source=TRUE, width = 50) ################################################### ### code chunk number 2: install-pkg (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("MetaGxPancreas") ################################################### ### code chunk number 3: loadlib ################################################### library(MetaGxPancreas) esets = MetaGxPancreas::loadPancreasEsets()[[1]] ################################################### ### code chunk number 4: sampleNumber-summary ################################################### numSamples <- vapply(seq_along(esets), FUN=function(i, esets){ ncol(esets[[i]]@assayData$exprs) }, numeric(1), esets=esets) SampleNumberSummaryAll <- data.frame(NumberOfSamples = numSamples, row.names = names(esets)) total <- sum(SampleNumberSummaryAll[,"NumberOfSamples"]) SampleNumberSummaryAll <- rbind(SampleNumberSummaryAll, total) rownames(SampleNumberSummaryAll)[nrow(SampleNumberSummaryAll)] <- "Total" require(xtable) print(xtable(SampleNumberSummaryAll,digits = 2), floating = FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())