### R code from vignette source 'seqCNA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: seqCNA.Rnw:75-76 ################################################### library(seqCNA) ################################################### ### code chunk number 2: seqCNA.Rnw:79-80 ################################################### data(seqsumm_HCC1143) ################################################### ### code chunk number 3: seqCNA.Rnw:97-98 ################################################### rco = readSeqsumm(tumour.data=seqsumm_HCC1143) ################################################### ### code chunk number 4: seqCNA.Rnw:144-145 ################################################### rco = applyFilters(rco, trim.filter=1, mapq.filter=2) ################################################### ### code chunk number 5: seqCNA.Rnw:169-170 ################################################### rco = runSeqnorm(rco) ################################################### ### code chunk number 6: seqCNA.Rnw:181-182 ################################################### rco = runGLAD(rco) ################################################### ### code chunk number 7: seqCNA.Rnw:200-201 ################################################### plotCNProfile(rco) ################################################### ### code chunk number 8: seqCNA.Rnw:204-205 ################################################### rco = applyThresholds(rco, seq(-0.8,4,by=0.8), 1) ################################################### ### code chunk number 9: seqCNA.Rnw:212-213 ################################################### plotCNProfile(rco) ################################################### ### code chunk number 10: seqCNA.Rnw:220-221 ################################################### summary(rco) ################################################### ### code chunk number 11: seqCNA.Rnw:229-230 ################################################### head(rco@output)