### R code from vignette source 'rBiopaxParserVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: no.nonsense ################################################### rm(list=ls()) ################################################### ### code chunk number 2: Load_package ################################################### library(rBiopaxParser) ################################################### ### code chunk number 3: downloadbiopax (eval = FALSE) ################################################### ## file = downloadBiopaxData("NCI","biocarta") ################################################### ### code chunk number 4: parsebiopax (eval = FALSE) ################################################### ## biopax = readBiopax(file) ## print(biopax) ################################################### ### code chunk number 5: loaddata ################################################### data(biopaxexample) ################################################### ### code chunk number 6: displaydataframe ################################################### head(biopax$dt) ################################################### ### code chunk number 7: accessingbiopax ################################################### pw_list = listInstances(biopax, class="pathway") pw_complete = selectInstances(biopax, class="pathway") pwid1 = "pid_p_100002_wntpathway" pwid2 = "pid_p_100146_hespathway" getInstanceProperty(biopax, pwid1, property="NAME") getInstanceProperty(biopax, pwid2, property="NAME") pw_1 = selectInstances(biopax, class="pathway", id=pwid1) pw_1_component_list = listPathwayComponents(biopax,pwid1) pw_1_components = selectInstances(biopax,id=pw_1_component_list$id) pw_2 = selectInstances(biopax, class="pathway", id=pwid2) pw_2_component_list = listPathwayComponents(biopax,pwid2) pw_2_components = selectInstances(biopax,id=pw_2_component_list$id) ################################################### ### code chunk number 8: pathwaytoregulatorygraphs (eval = FALSE) ################################################### ## pw_1_adj = pathway2AdjacancyMatrix(biopax, pwid1, expandSubpathways=TRUE, ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## pw_1_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, pwid1, ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## pw_2_adj = pathway2AdjacancyMatrix(biopax, pwid2, expandSubpathways=TRUE, ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## pw_2_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, pwid2, ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: layoutgraphs (eval = FALSE) ################################################### ## pw_1_graph_laidout = layoutRegulatoryGraph(pw_1_graph) ## pw_2_graph_laidout = layoutRegulatoryGraph(pw_2_graph) ################################################### ### code chunk number 10: plotgraphs (eval = FALSE) ################################################### ## plotRegulatoryGraph(pw_1_graph) ## plotRegulatoryGraph(pw_2_graph) ################################################### ### code chunk number 11: mergedgraph (eval = FALSE) ################################################### ## merged_graph = uniteGraphs(pw_1_graph_laidout,pw_2_graph_laidout) ## plotRegulatoryGraph(merged_graph, layoutGraph=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: beautifygraphs (eval = FALSE) ################################################### ## nodeRenderInfo(merged_graph)$cex = 1 ## nodeRenderInfo(merged_graph)$textCol = "red" ## nodeRenderInfo(merged_graph)$fill = "green" ## plotRegulatoryGraph(merged_graph, layoutGraph=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: modifypathways (eval = FALSE) ################################################### ## biopax = mergePathways(biopax, pwid1, pwid2, NAME="mergedpw1", ID="mergedpwid1") ## mergedpw_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, ## "mergedpwid1", splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(mergedpw_graph)) ################################################### ### code chunk number 14: createbiopax1 ################################################### biopax = createBiopax() for(i in LETTERS[1:5]) { biopax = addPhysicalEntity(biopax, class="protein", NAME=paste("protein",i,sep="_"), id=paste("proteinid",i,sep="_")) biopax = addPhysicalEntityParticipant(biopax, referencedPhysicalEntityID=paste("proteinid",i,sep="_"), id=paste("PEPid",i,sep="_")) biopax = addBiochemicalReaction(biopax, LEFT=paste("PEPid",i,sep="_"), RIGHT=paste("PEPid",i,sep="_"), id=paste("BCRid",i,sep="_")) } ################################################### ### code chunk number 15: createbiopax2 ################################################### biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="ACTIVATION", CONTROLLER="PEPid_A", CONTROLLED=c("BCRid_B"),id="control_1") biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="INHIBITION", CONTROLLER="PEPid_A", CONTROLLED=c("BCRid_C"),id="control_2") biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="ACTIVATION", CONTROLLER="PEPid_C", CONTROLLED=c("BCRid_D"),id="control_3") biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="INHIBITION", CONTROLLER="PEPid_C", CONTROLLED=c("BCRid_E"), id="control_4") ################################################### ### code chunk number 16: createbiopax3 ################################################### biopax = addPathway(biopax, NAME="pw1", PATHWAY_COMPONENTS=c("control_1","control_2"), id="pwid1") biopax = addPathway(biopax, NAME="pw2", PATHWAY_COMPONENTS=c("control_3","control_4"), id="pwid2") biopax = mergePathways(biopax, "pwid1", "pwid2", NAME="pw3", id="pwid3") ################################################### ### code chunk number 17: createbiopax4 (eval = FALSE) ################################################### ## pw1_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid1", ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## pw2_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid2", ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ## pw3_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid3", ## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: createbiopax5 (eval = FALSE) ################################################### ## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw1_graph)) ## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw2_graph)) ## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw3_graph)) ################################################### ### code chunk number 19: removebiopaxinstances (eval = FALSE) ################################################### ## temp = biopax ## temp = removeProperties(temp, id="newpwid2", properties="PATHWAY-COMPONENTS") ## temp = removeInstance(temp, id="newpwid3") ################################################### ### code chunk number 20: writeoutbiopax (eval = FALSE) ################################################### ## writeBiopax(biopax, file="test.writeBiopax.owl") ################################################### ### code chunk number 21: examplereactome1 (eval = FALSE) ################################################### ## file = downloadBiopaxData("reactome","reactome", version="biopax3") ################################################### ### code chunk number 22: examplereactome1 (eval = FALSE) ################################################### ## biopax = readBiopax(file) ## print(biopax) ################################################### ### code chunk number 23: rBiopaxParserVignette.Rnw:669-670 ################################################### toLatex(sessionInfo())