### R code from vignette source 'metaSeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: metaSeq.Rnw:76-77 ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: metaSeq.Rnw:124-126 ################################################### library("metaSeq") library("snow") ################################################### ### code chunk number 3: metaSeq.Rnw:132-133 ################################################### data(BreastCancer) ################################################### ### code chunk number 4: metaSeq.Rnw:139-141 ################################################### flag1 <- c(1,1,1,0,0, 1,0, 1,1,1,1,1,1,1,0, 1,1,0) flag2 <- c("A","A","A","A","A", "B","B", "C","C","C","C","C","C","C","C", "D","D","D") ################################################### ### code chunk number 5: metaSeq.Rnw:147-148 ################################################### cds <- meta.readData(data = BreastCancer, factor = flag1, studies = flag2) ################################################### ### code chunk number 6: metaSeq.Rnw:154-164 ################################################### ## This is very time consuming step. # cl <- makeCluster(4, "SOCK") # result <- meta.oneside.noiseq(cds, k = 0.5, norm = "tmm", replicates = "biological", # factor = flag1, conditions = c(1, 0), studies = flag2, cl = cl) # stopCluster(cl) ## Please load pre-calculated result (Result.Meta) ## by data function instead of scripts above. data(Result.Meta) result <- Result.Meta ################################################### ### code chunk number 7: metaSeq.Rnw:169-171 ################################################### F <- Fisher.test(result) S <- Stouffer.test(result) ################################################### ### code chunk number 8: metaSeq.Rnw:177-183 ################################################### head(F$Upper) head(F$Lower) F$Weight head(S$Upper) head(S$Lower) S$Weight ################################################### ### code chunk number 9: metaSeq.Rnw:210-217 ################################################### ## Assume this matrix as one-sided p-values ## generated by non-NOISeq method (e.g., cuffdiff) upper <- matrix(runif(300), ncol=3, nrow=100) lower <- 1 - upper rownames(upper) <- paste0("Gene", 1:100) rownames(lower) <- paste0("Gene", 1:100) weight <- c(3,6,8) ################################################### ### code chunk number 10: metaSeq.Rnw:223-226 ################################################### ## other.oneside.pvalues function return a matrix ## which can input Fisher.test or Stouffer.test result <- other.oneside.pvalues(upper, lower, weight) ################################################### ### code chunk number 11: metaSeq.Rnw:232-243 ################################################### F <- Fisher.test(result) str(F) head(F$Upper) head(F$Lower) F$Weight S <- Stouffer.test(result) str(S) head(S$Upper) head(S$Lower) S$Weight ################################################### ### code chunk number 12: session ################################################### sessionInfo()