### R code from vignette source 'kimod-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Package ################################################### library("kimod") ################################################### ### code chunk number 2: Data ################################################### data(NCI60Selec_ESet) ################################################### ### code chunk number 3: Data ################################################### class(NCI60Selec_ESet) ################################################### ### code chunk number 4: Head ################################################### lapply(NCI60Selec_ESet,dim) ################################################### ### code chunk number 5: Head ################################################### Tissues<-c(rep("Breast",5),rep("CNS",6),rep("Colon",7), rep("Leukemia",6),rep("Melanoma",10),rep("Lung",9), rep("Ovarian",7),rep("Prostate",2),rep("Renal",8)) ################################################### ### code chunk number 6: Head ################################################### Names<-sapply(NCI60Selec_ESet,rownames) ################################################### ### code chunk number 7: Head ################################################### unique(apply(Names[,-1],2,function(y)identical(y,Names[,1]))) ################################################### ### code chunk number 8: Head ################################################### Z1<-DiStatis(NCI60Selec_ESet) ################################################### ### code chunk number 9: Head ################################################### class(Z1) ################################################### ### code chunk number 10: code ################################################### RVPlot(Z1) ################################################### ### code chunk number 11: kimod-vignette.Rnw:181-182 ################################################### RVPlot(Z1,barPlot=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: Head ################################################### Tissues<-c(rep("Breast",5),rep("CNS",6),rep("Colon",7), rep("Leukemia",6),rep("Melanoma",10),rep("Lung",9), rep("Ovarian",7),rep("Prostate",2),rep("Renal",8)) ################################################### ### code chunk number 13: Head ################################################### Colours<-c(rep(colors()[657],5),rep(colors()[637],6), rep(colors()[537],7),rep(colors()[552],6),rep(colors()[57],10), rep(colors()[300],9),rep(colors()[461],7),rep(colors()[450],2), rep(colors()[432],8)) ################################################### ### code chunk number 14: Code2 ################################################### CompPlot(Z1,xlabBar="",colObs=Colours,pch=15,las=1, cex=2,legend=FALSE,barPlot=FALSE,cex.main=0.6,cex.lab=0.6, cex.axis=0.6,las=1) legend("topleft",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=16,cex=1) ################################################### ### code chunk number 15: kimod-vignette.Rnw:216-221 ################################################### CompPlot(Z1,xlabBar="",colObs=Colours,pch=15,las=1, cex=2,legend=FALSE,barPlot=FALSE,cex.main=0.6,cex.lab=0.6, cex.axis=0.6,las=1) legend("topleft",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=16,cex=1) ################################################### ### code chunk number 16: Code3 ################################################### B<-Bootstrap(Z1) BootPlot(B,Points=FALSE,cex.lab=0.7,cex.axis=0.7, las=1,xlimi=c(-0.003,0.002),ylimi=c(-0.005,0.007) ,legend=FALSE,col=Colours) legend("topleft",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=16,cex=1) Comparisions.Boot(B) ################################################### ### code chunk number 17: kimod-vignette.Rnw:247-252 ################################################### BootPlot(B,Points=FALSE,cex.lab=0.7,cex.axis=0.7, las=1,xlimi=c(-0.003,0.002),ylimi=c(-0.005,0.007) ,legend=FALSE,col=Colours) legend("topleft",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=16,cex=1) ################################################### ### code chunk number 18: Code4 ################################################### M1<-SelectVar(Z1,Crit="R2-Adj",perc=0.95) layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,2,2),c(1,1,1,1,1,1,2,2),byrow=TRUE)) Biplot(M1,labelObs = FALSE,labelVars=FALSE, colObs=Colours,Type="SQRT",las=1,cex.axis=0.8, cex.lab=0.8,xlimi=c(-3,3),ylimi=c(-3,3)) plot(0,type='n',axes=FALSE,ann=FALSE) legend("topright",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=15,cex=1) ################################################### ### code chunk number 19: kimod-vignette.Rnw:276-284 ################################################### layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,2,2),c(1,1,1,1,1,1,2,2),byrow=TRUE)) Biplot(M1,labelObs = FALSE,labelVars=FALSE, colObs=Colours,Type="SQRT",las=1,cex.axis=0.8, cex.lab=0.8,xlimi=c(-3,3),ylimi=c(-3,3)) plot(0,type='n',axes=FALSE,ann=FALSE) legend("topright",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=15,cex=1) ################################################### ### code chunk number 20: kimod-vignette.Rnw:296-304 ################################################### layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,2,2),c(1,1,1,1,1,1,2,2),byrow=TRUE)) Biplot(M1,labelObs = FALSE,labelVars=FALSE, colObs=Colours,Type="SQRT",las=1,cex.axis=0.8, cex.lab=0.8,xlimi=c(-3,3),ylimi=c(-3,3),Groups=TRUE,NGroups=4) plot(0,type='n',axes=FALSE,ann=FALSE) legend("topright",unique(Tissues),col=unique(Colours), bty="n",pch=15,cex=1) ################################################### ### code chunk number 21: Code6 ################################################### A1<-GroupProj(M1,method="ward",metric="euclidean",NGroups=4) head(SortList(A1)[[1]]) ################################################### ### code chunk number 22: Code7 ################################################### A1<-GroupProj(M1,method="ward",metric="euclidean",NGroups=4) Groups(A1) ################################################### ### code chunk number 23: Session Info ################################################### sessionInfo()