### R code from vignette source 'intansvOverview.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=72) ################################################### ### code chunk number 2: biocManager (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("intansv") ################################################### ### code chunk number 3: initialize ################################################### library("intansv") ################################################### ### code chunk number 4: read in results of BreakDancer ################################################### breakdancer.file.path <- system.file("extdata/ZS97.breakdancer.sv", package="intansv") breakdancer.file.path breakdancer <- readBreakDancer(breakdancer.file.path) str(breakdancer) ################################################### ### code chunk number 5: read in results of cnvnator ################################################### cnvnator.dir.path <- system.file("extdata/cnvnator", package="intansv") cnvnator.dir.path cnvnator <- readCnvnator(cnvnator.dir.path) str(cnvnator) ################################################### ### code chunk number 6: read in results of SVseq2 ################################################### svseq.dir.path <- system.file("extdata/svseq2", package="intansv") svseq.dir.path svseq <- readSvseq(svseq.dir.path) str(svseq) ################################################### ### code chunk number 7: read in results of DELLY ################################################### delly.file.path <- system.file("extdata/ZS97.DELLY.vcf", package="intansv") delly.file.path delly <- readDelly(delly.file.path) str(delly) ################################################### ### code chunk number 8: read in results of Pindel ################################################### pindel.dir.path <- system.file("extdata/pindel", package="intansv") pindel.dir.path pindel <- readPindel(pindel.dir.path) str(pindel) ################################################### ### code chunk number 9: read in results of Lumpy ################################################### lumpy.file.path <- system.file("extdata/ZS97.LUMPY.vcf", package="intansv") lumpy.file.path lumpy <- readLumpy(lumpy.file.path) str(lumpy) ################################################### ### code chunk number 10: read in results of softSearch ################################################### softSearch.file.path <- system.file("extdata/ZS97.softsearch", package="intansv") softSearch.file.path softSearch <- readSoftSearch(softSearch.file.path) str(softSearch) ################################################### ### code chunk number 11: MethodsMerge ################################################### sv_all_methods <- methodsMerge(breakdancer, pindel, cnvnator, delly, svseq) str(sv_all_methods) ################################################### ### code chunk number 12: MethodsMerge ################################################### sv_all_methods.nopindel <- methodsMerge(breakdancer,cnvnator,delly,svseq) str(sv_all_methods.nopindel) ################################################### ### code chunk number 13: read in annotation file into R ################################################### anno.file.path <- system.file("extdata/chr05_chr10.anno.txt", package="intansv") anno.file.path msu_gff_v7 <- read.table(anno.file.path, head=TRUE, as.is=TRUE) head(msu_gff_v7) ################################################### ### code chunk number 14: sv annotation ################################################### sv_all_methods.anno <- llply(sv_all_methods,svAnnotation, genomeAnnotation=msu_gff_v7) names(sv_all_methods.anno) head(sv_all_methods.anno$del) ################################################### ### code chunk number 15: genomic_distribution ################################################### genome.file.path <- system.file("extdata/chr05_chr10.genome.txt", package="intansv") genome.file.path genome <- read.table(genome.file.path, head=TRUE, as.is=TRUE) plotChromosome(genome, sv_all_methods,1000000) ################################################### ### code chunk number 16: region_visualization ################################################### head(msu_gff_v7, n=3) plotRegion(sv_all_methods,msu_gff_v7, "chr05", 1, 200000) ################################################### ### code chunk number 17: intansvOverview.Rnw:309-310 ################################################### sessionInfo()